Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• pl.poznan.put.atom,
• pl.poznan.put.circular,
• pl.poznan.put.circular.conversion,
• pl.poznan.put.circular.enums,
• pl.poznan.put.circular.exception,
• pl.poznan.put.circular.samples,
• pl.poznan.put.constant,
• pl.poznan.put.external.dssr,
• pl.poznan.put.interfaces,
• pl.poznan.put.notation,
• pl.poznan.put.pdb,
• pl.poznan.put.pdb.analysis,
• pl.poznan.put.protein,
• pl.poznan.put.rna,
• pl.poznan.put.structure,
• pl.poznan.put.structure.formats,
• pl.poznan.put.structure.pseudoknots,
• pl.poznan.put.structure.pseudoknots.dp,
• pl.poznan.put.structure.pseudoknots.elimination,
• pl.poznan.put.torsion,
• pl.poznan.put.torsion.range,
• pl.poznan.put.types,
• pl.poznan.put.utility,
• pl.poznan.put.utility.svg

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • pl.poznan.put.structure.formats.AbstractCombinedStrand (implements pl.poznan.put.structure.formats.DotBracket)
    • pl.poznan.put.structure.formats.CombinedStrand
      • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableCombinedStrand
    • pl.poznan.put.structure.formats.CombinedStrandFromPdb (implements pl.poznan.put.structure.formats.DotBracketFromPdb)
      • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableCombinedStrandFromPdb
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.AbstractPdbModel (implements pl.poznan.put.pdb.analysis.PdbModel)
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.DefaultCifModel (implements pl.poznan.put.pdb.analysis.CifModel)
      • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutableDefaultCifModel
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.DefaultPdbModel
      • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutableDefaultPdbModel
  • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.elimination.AbstractRegionRemover (implements pl.poznan.put.structure.pseudoknots.elimination.RegionRemover)
    • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.elimination.MaxConflicts
      • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.elimination.ImmutableMaxConflicts
    • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.elimination.MinGain
      • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.elimination.ImmutableMinGain
  • pl.poznan.put.structure.AnalyzedBasePair (implements pl.poznan.put.structure.ClassifiedBasePair)
    • pl.poznan.put.structure.ImmutableAnalyzedBasePair
  • pl.poznan.put.circular.Angle (implements java.lang.Comparable<T>)
    • pl.poznan.put.circular.ImmutableAngle
  • pl.poznan.put.utility.AngleFormat
  • pl.poznan.put.circular.samples.AngleSample
    • pl.poznan.put.circular.samples.ImmutableAngleSample
  • pl.poznan.put.torsion.AtomPair (implements java.lang.Comparable<T>)
    • pl.poznan.put.torsion.ImmutableAtomPair
  • pl.poznan.put.torsion.AverageTorsionAngleType (implements pl.poznan.put.torsion.MasterTorsionAngleType, pl.poznan.put.torsion.TorsionAngleType)
    • pl.poznan.put.torsion.ImmutableAverageTorsionAngleType
  • pl.poznan.put.structure.BasePair (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.structure.ImmutableBasePair
  • pl.poznan.put.atom.Bond
  • pl.poznan.put.structure.formats.BpSeq (implements java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableBpSeq
  • pl.poznan.put.structure.formats.BpSeq.Entry (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableEntry
  • pl.poznan.put.structure.CanonicalStructureExtractor
  • pl.poznan.put.circular.conversion.CartesianUtilities
  • pl.poznan.put.rna.ChainReorderer
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.CifContainer (implements pl.poznan.put.pdb.analysis.ModelContainer)
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutableCifContainer
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.CifConverter
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.CifParser
  • pl.poznan.put.constant.Colors
  • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.dp.ConflictClique
    • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.dp.ImmutableConflictClique
  • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.ConflictGraph
    • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.ImmutableConflictGraph
  • pl.poznan.put.structure.formats.Ct (implements java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableCt
  • pl.poznan.put.structure.formats.Ct.ExtendedEntry (implements java.lang.Comparable<T>)
    • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableExtendedEntry
  • pl.poznan.put.structure.formats.DefaultConverter (implements pl.poznan.put.structure.formats.Converter)
    • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableDefaultConverter
  • pl.poznan.put.structure.formats.DefaultDotBracket (implements java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableDefaultDotBracket
  • pl.poznan.put.structure.formats.DefaultDotBracketFromPdb (implements pl.poznan.put.structure.formats.DotBracketFromPdb)
    • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableDefaultDotBracketFromPdb
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.DefaultPdbResidue (implements pl.poznan.put.pdb.analysis.PdbResidue)
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutableDefaultPdbResidue
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.DefaultResidueCollection (implements pl.poznan.put.pdb.analysis.ResidueCollection)
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutableDefaultResidueCollection
  • pl.poznan.put.structure.formats.DefaultStrand (implements pl.poznan.put.structure.formats.Strand)
    • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableDefaultStrand
  • pl.poznan.put.structure.DotBracketSymbol (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.structure.ImmutableDotBracketSymbol
  • pl.poznan.put.external.dssr.DssrJson
    • pl.poznan.put.external.dssr.ImmutableDssrJson
  • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.dp.DynamicProgrammingAll
    • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.dp.ImmutableDynamicProgrammingAll
  • pl.poznan.put.utility.ExecHelper
    • pl.poznan.put.utility.ImmutableExecHelper
  • pl.poznan.put.circular.Histogram
    • pl.poznan.put.circular.ImmutableHistogram
  • pl.poznan.put.structure.ImmutableAnalyzedBasePair.Builder
  • pl.poznan.put.circular.ImmutableAngle.Builder
  • pl.poznan.put.circular.samples.ImmutableAngleSample.Builder
  • pl.poznan.put.torsion.ImmutableAtomBasedTorsionAngleType (implements pl.poznan.put.torsion.AtomBasedTorsionAngleType)
  • pl.poznan.put.torsion.ImmutableAtomBasedTorsionAngleType.Builder
  • pl.poznan.put.torsion.ImmutableAtomPair.Builder
  • pl.poznan.put.torsion.ImmutableAverageTorsionAngleType.Builder
  • pl.poznan.put.protein.ImmutableBackbone (implements pl.poznan.put.protein.Backbone)
  • pl.poznan.put.protein.ImmutableBackbone.Builder
  • pl.poznan.put.structure.ImmutableBasePair.Builder
  • pl.poznan.put.atom.ImmutableBondLength (implements pl.poznan.put.atom.BondLength)
  • pl.poznan.put.atom.ImmutableBondLength.Builder
  • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableBpSeq.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutableCifContainer.Builder
  • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableCombinedStrand.Builder
  • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableCombinedStrandFromPdb.Builder
  • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.dp.ImmutableConflictClique.Builder
  • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.ImmutableConflictGraph.Builder
  • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableCt.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutableDefaultCifModel.Builder
  • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableDefaultConverter.Builder
  • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableDefaultDotBracket.Builder
  • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableDefaultDotBracketFromPdb.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutableDefaultPdbModel.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutableDefaultPdbResidue.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutableDefaultResidueCollection.Builder
  • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableDefaultStrand.Builder
  • pl.poznan.put.types.ImmutableDistanceMatrix (implements pl.poznan.put.types.DistanceMatrix)
  • pl.poznan.put.types.ImmutableDistanceMatrix.Builder
  • pl.poznan.put.structure.ImmutableDotBracketSymbol.Builder
  • pl.poznan.put.external.dssr.ImmutableDssrJson.Builder
  • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.dp.ImmutableDynamicProgrammingAll.Builder
  • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableEntry.Builder
  • pl.poznan.put.utility.ImmutableExecHelper.Builder
  • pl.poznan.put.utility.ImmutableExecutionResult (implements pl.poznan.put.utility.ExecHelper.ExecutionResult)
  • pl.poznan.put.utility.ImmutableExecutionResult.Builder
  • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableExtendedEntry.Builder
  • pl.poznan.put.circular.ImmutableHistogram.Builder
  • pl.poznan.put.rna.ImmutableInteractionType.Builder
  • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.elimination.ImmutableMaxConflicts.Builder
  • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.elimination.ImmutableMinGain.Builder
  • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableMultiLineDotBracket.Builder
  • pl.poznan.put.external.dssr.ImmutableNucleotide (implements pl.poznan.put.external.dssr.Nucleotide)
  • pl.poznan.put.external.dssr.ImmutableNucleotide.Builder
  • pl.poznan.put.external.dssr.ImmutablePair (implements pl.poznan.put.external.dssr.Pair)
  • pl.poznan.put.external.dssr.ImmutablePair.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbAtomLine.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutablePdbChain.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutablePdbCompactFragment.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbExpdtaLine.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbHeaderLine.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbModresLine.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbNamedResidueIdentifier.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbRemark2Line.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbRemark465Line.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbResidueIdentifier.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbTitleLine.Builder
  • pl.poznan.put.rna.ImmutablePhosphate.Builder
  • pl.poznan.put.rna.ImmutablePseudophasePuckerType.Builder
  • pl.poznan.put.types.ImmutableQuadruple<T> (implements pl.poznan.put.types.Quadruple<T>)
  • pl.poznan.put.types.ImmutableQuadruple.Builder<T>
  • pl.poznan.put.structure.ImmutableQuantifiedBasePair.Builder
  • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.ImmutableRegion.Builder
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutableResidueTorsionAngles.Builder
  • pl.poznan.put.rna.ImmutableRibose.Builder
  • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableStrandView.Builder
  • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableTerminalMissing.Builder
  • pl.poznan.put.torsion.ImmutableTorsionAngleDelta.Builder
  • pl.poznan.put.torsion.ImmutableTorsionAngleValue.Builder
  • pl.poznan.put.circular.samples.ImmutableTrigonometricMoment.Builder
  • pl.poznan.put.rna.InteractionType (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.rna.ImmutableInteractionType
  • pl.poznan.put.structure.formats.MultiLineDotBracket
    • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableMultiLineDotBracket
  • pl.poznan.put.utility.NumberFormatUtils
  • pl.poznan.put.pdb.PdbAtomLine (implements pl.poznan.put.pdb.ChainNumberICode)
    • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbAtomLine
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.PdbChain (implements java.lang.Comparable<T>, pl.poznan.put.pdb.analysis.SingleTypedResidueCollection)
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutablePdbChain
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.PdbCompactFragment (implements pl.poznan.put.pdb.analysis.SingleTypedResidueCollection)
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutablePdbCompactFragment
  • pl.poznan.put.pdb.PdbExpdtaLine (implements java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbExpdtaLine
  • pl.poznan.put.pdb.PdbHeaderLine (implements java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbHeaderLine
  • pl.poznan.put.pdb.PdbModresLine (implements pl.poznan.put.pdb.ChainNumberICode, java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbModresLine
  • pl.poznan.put.pdb.PdbNamedResidueIdentifier (implements pl.poznan.put.pdb.ChainNumberICode, java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbNamedResidueIdentifier
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.PdbParser
  • pl.poznan.put.pdb.PdbRemark2Line (implements java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbRemark2Line
  • pl.poznan.put.pdb.PdbRemark465Line (implements pl.poznan.put.pdb.ChainNumberICode)
    • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbRemark465Line
  • pl.poznan.put.pdb.PdbResidueIdentifier (implements pl.poznan.put.pdb.ChainNumberICode)
    • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbResidueIdentifier
  • pl.poznan.put.pdb.PdbTitleLine (implements java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.pdb.ImmutablePdbTitleLine
  • pl.poznan.put.rna.Phosphate (implements pl.poznan.put.rna.NucleicAcidResidueComponent)
    • pl.poznan.put.rna.ImmutablePhosphate
  • pl.poznan.put.rna.PseudophasePuckerType (implements pl.poznan.put.torsion.TorsionAngleType)
    • pl.poznan.put.rna.ImmutablePseudophasePuckerType
  • pl.poznan.put.structure.QuantifiedBasePair (implements pl.poznan.put.structure.ClassifiedBasePair)
    • pl.poznan.put.structure.ImmutableQuantifiedBasePair
  • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.Region (implements java.lang.Comparable<T>)
    • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.ImmutableRegion
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.ResidueCollection.CifBuilder
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.ResidueCollection.PdbBuilder
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.ResidueTorsionAngles
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.ImmutableResidueTorsionAngles
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.ResidueTypeDetector
  • pl.poznan.put.utility.ResourcesHelper
  • pl.poznan.put.rna.Ribose
    • pl.poznan.put.rna.ImmutableRibose
  • pl.poznan.put.structure.formats.StrandView (implements pl.poznan.put.structure.formats.Strand)
    • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableStrandView
  • pl.poznan.put.utility.svg.SVGHelper
  • pl.poznan.put.utility.TabularExporter
  • pl.poznan.put.structure.formats.TerminalMissing
    • pl.poznan.put.structure.formats.ImmutableTerminalMissing
  • java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
    • java.lang.Exception
      • java.lang.RuntimeException
        • pl.poznan.put.pdb.CifPdbIncompatibilityException
        • pl.poznan.put.circular.exception.InvalidCircularOperationException
        • pl.poznan.put.circular.exception.InvalidCircularValueException
        • pl.poznan.put.circular.exception.InvalidVectorFormatException
        • pl.poznan.put.pdb.PdbParsingException
  • pl.poznan.put.torsion.TorsionAngleDelta (implements pl.poznan.put.interfaces.DisplayableExportable)
    • pl.poznan.put.torsion.ImmutableTorsionAngleDelta
  • pl.poznan.put.torsion.TorsionAngleValue (implements pl.poznan.put.interfaces.DisplayableExportable)
    • pl.poznan.put.torsion.ImmutableTorsionAngleValue
  • pl.poznan.put.circular.samples.TrigonometricMoment
    • pl.poznan.put.circular.samples.ImmutableTrigonometricMoment
  • pl.poznan.put.constant.Unicode

Interface Hierarchy

• java.lang.AutoCloseable
  • java.io.Closeable
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.ModelContainer
• pl.poznan.put.atom.BondLength
• pl.poznan.put.interfaces.Clusterable
• java.lang.Comparable<T>
  • pl.poznan.put.pdb.ChainNumberICode (also extends java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.PdbResidue
  • pl.poznan.put.structure.ClassifiedBasePair (also extends java.io.Serializable)
• pl.poznan.put.structure.formats.Converter
• pl.poznan.put.interfaces.DisplayableExportable
  • pl.poznan.put.torsion.MasterTorsionAngleType
  • pl.poznan.put.torsion.TorsionAngleType
    • pl.poznan.put.torsion.AtomBasedTorsionAngleType
• pl.poznan.put.types.DistanceMatrix
• pl.poznan.put.structure.formats.DotBracket
  • pl.poznan.put.structure.formats.DotBracketFromPdb
  • pl.poznan.put.structure.formats.Strand
• pl.poznan.put.utility.ExecHelper.ExecutionResult
• pl.poznan.put.interfaces.Exportable
• pl.poznan.put.external.dssr.Nucleotide
• pl.poznan.put.external.dssr.Pair
• pl.poznan.put.structure.pseudoknots.PseudoknotFinder
  • pl.poznan.put.structure.pseudoknots.elimination.RegionRemover
• pl.poznan.put.types.Quadruple<T>
• pl.poznan.put.torsion.range.Range
• pl.poznan.put.torsion.range.RangeProvider
• pl.poznan.put.pdb.analysis.ResidueComponent
  • pl.poznan.put.protein.Backbone
  • pl.poznan.put.rna.NucleicAcidResidueComponent
    • pl.poznan.put.rna.Nucleobase (also extends pl.poznan.put.pdb.analysis.ResidueInformationProvider)
      • pl.poznan.put.rna.Purine
      • pl.poznan.put.rna.Pyrimidine
  • pl.poznan.put.protein.Sidechain (also extends pl.poznan.put.pdb.analysis.ResidueInformationProvider)
• pl.poznan.put.pdb.analysis.ResidueInformationProvider
  • pl.poznan.put.rna.Nucleobase (also extends pl.poznan.put.rna.NucleicAcidResidueComponent)
    • pl.poznan.put.rna.Purine
    • pl.poznan.put.rna.Pyrimidine
  • pl.poznan.put.protein.Sidechain (also extends pl.poznan.put.pdb.analysis.ResidueComponent)
• java.io.Serializable
  • pl.poznan.put.pdb.ChainNumberICode (also extends java.lang.Comparable<T>)
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.PdbResidue
  • pl.poznan.put.structure.ClassifiedBasePair (also extends java.lang.Comparable<T>)
  • pl.poznan.put.pdb.analysis.ResidueCollection
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.PdbModel
      • pl.poznan.put.pdb.analysis.CifModel
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.SingleTypedResidueCollection
• pl.poznan.put.interfaces.Tabular
• pl.poznan.put.interfaces.Visualizable

Enum Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.lang.constant.Constable, java.io.Serializable)
    • pl.poznan.put.protein.AminoAcid (implements pl.poznan.put.pdb.analysis.ResidueInformationProvider)
    • pl.poznan.put.protein.AminoAcidTorsionAngle (implements pl.poznan.put.torsion.MasterTorsionAngleType)
    • pl.poznan.put.circular.enums.AngleTransformation
    • pl.poznan.put.atom.AtomName
    • pl.poznan.put.atom.AtomType
    • pl.poznan.put.notation.BPh
    • pl.poznan.put.notation.BR
    • pl.poznan.put.rna.Chi
    • pl.poznan.put.rna.ChiRange (implements pl.poznan.put.torsion.range.Range)
    • pl.poznan.put.pdb.ExperimentalTechnique
    • pl.poznan.put.utility.svg.Format
    • pl.poznan.put.structure.HelixOrigin
    • pl.poznan.put.notation.LeontisWesthof
    • pl.poznan.put.pdb.analysis.MoleculeType
    • pl.poznan.put.notation.NucleobaseEdge
    • pl.poznan.put.rna.Nucleotide (implements pl.poznan.put.pdb.analysis.ResidueInformationProvider)
    • pl.poznan.put.rna.NucleotideComponentType
    • pl.poznan.put.rna.NucleotideTorsionAngle (implements pl.poznan.put.torsion.MasterTorsionAngleType)
    • pl.poznan.put.rna.Pseudorotation (implements pl.poznan.put.torsion.range.Range)
    • pl.poznan.put.torsion.range.RangeDifference
    • pl.poznan.put.notation.Saenger
    • pl.poznan.put.notation.StackingTopology
    • pl.poznan.put.notation.Stericity
    • pl.poznan.put.torsion.TorsionAngleDelta.State
    • pl.poznan.put.torsion.range.TorsionRange (implements pl.poznan.put.torsion.range.Range)