Krzysztof Krawiec

Przedmiot obieralny dla 6 semestru kierunku Informatyka (studia dzienne).

Ankieta oceny wykładu

Prowadzący wykład:

• dr hab. inż. Krzysztof Krawiec (W, L)
• dr hab. inż. Szymon Wilk (W, L)
• dr inż. Tomasz Pawlak (L)
• mgr inż. Iwo Błądek (L)
• mgr inż. Michał Tomczyk (L)

Materialy dydaktyczne:

• Moduł 3: Diagnostyka medyczna - wstęp
• Moduł 4: Diagnostyka laboratoryjna i sygnałowa
• Moduł 5: Diagnostyka obrazowa
• Moduł 6: DICOM

Laboratorium

Laboratorium koncentruje się na realizacji projektów informatycznych zorientowanych na zastosowania medyczne.

• Decyzja o wyborze projektu musi zapaść najpoźniej na drugich zajęciach laboratoryjnych.
• Projekty realizowane są w grupach dwuosobowych.
• Postęp w pracach projektowych weryfikowany jest w kilku punktach kontrolnych (checkpoints) - patrz poniższy harmonogram.
  • Oceny cząstkowe wystawiane w punktach kontrolnych wpływają w sposób nieodwołalny na końcową ocenę z laboratorium.
• Ocena końcowa z laboratorium nie wpływa na ocenę z wykładu.
• Istnieje możliwość realizacji projektu zaproponowanego przez studentów, po akceptacji przez prowadzącego.

Harmonogram zajęć laboratoryjnych:

 Pisemny opis rozpoznania problemu i szkic koncepcji. 

Lista projektów do realizacji na zajęciach laboratoryjnych:

Uwaga: poniższa lista uwzględnia głównie projekty K. Krawca, projekty prowadzone przez pozostałych prowadzących znaleźć można na stronach:

• T. Pawlaka

lub bezpośrednio u prowadzących.

Projekty związane bezpośrednio z urządzeniami diagnostycznymi:

• Analiza danych o objętościach struktur mózgu pod kątem ich korelacji z wybranymi zaburzeniami (głównie ADHD)
• Analiza danych z mikromacierzy z wykorzystaniem pakietu Bioconductor (KK)
• Analiza kształtu ciała modzelowatego w obrazowaniu MRI (KK)
• Symulator działania tomografu rentgenowskiego transmisyjnego KT (akwizycja obrazu przez rzutowanie i odtwarzanie przez rekonstrukcję z rzutów) (KK)
• Symulator działania tomografu MRI (KK)
• Wydawanie zapytań do bazy danych artykułów medycznych wspomagane słownikiem MeSH (w wydaniu angielskim lub polskim)
• Przeglądarka obrazów 3D pochodzących z obrazowania OCT (Optical Coherence Tomography)
• Algorytmy przetwarzania obrazów (głównie polepszanie jakości) dla obrazowania OCT (Optical Coherence Tomography)

Inne projekty:

• System e-rejestracji z przypomnieniami o wizytach (TP)
• Automatyczna ocena grubosci luski kosci skroniowej czaszki na podstawie tomografii komputerowej u osob z nieprzeziernym oknem akustycznym (KK/MP)
• Optymalizacja procesu segmentacji mozgu z obrazow T1-zaleznych za pomoca kombinacji dostepnych narzedzi (BET, BSE) (KK/MP)
• Integracja informacji z wielomodalnego obrazowania 3D w tomografii rezonansu magnetycznego - (rejestracja przestrzenna, generowanie przekrojów w trzech plaszczyznach, konwersja miedzy formatami dicom do nifti i nifti do dicom, wizualizacja z wybranymi look-up-tables) (KK/MP)

Projekty realizowane we wcześniejszych edycjach przedmiotu

• Telekonsultacje + rozwiniecie mobilne AJAX
• Aplikacja: baza danych pacjentow na serwerze + rozwiniecie mobilne
• Narzedzie przetwarzania obrazow 2D/3D na kartach graficznych, z wizualizacja (przekroje), CGfx
• DICOM: Klient/biblioteka do serwera DICOM
• Atlasy medyczne/przypadki wzorcowe: Java Server Faces, AJAX,
• Określanie typu dysplazji stawu biodrowego metoda GRAFA (USG, poradnia preluksacyjna)
• DICOM: protokol: MS Visual Studio
• Mini-telekonsultacje z uzyciem Google Toolkit
• Applet do wstepnej obrobki i uploadu zdjec do portala telemedycznego
• Symulator tomografu rentgenowskiego transmisyjnego CT (Akwizycja obrazu przez rzutowanie i odtwarzanie przez rekonstrukcję z rzutów)
• Przeglądarka bardzo dużych bitmap (np. 50000x100000 pikseli)

W uzasadnionych przypadkach istnieje możliwość realizacji laboratorium w formie napisania kilkudziesięciostronicowego eseju na wybrany temat dotyczący informatyki medycznej (realizacja jednoosobowa). Przykładowe tematy takich esejów: Informatyka w systemach monitorowania stanu pacjenta (intensywna terapia) Telekonsultacje, Teleoperacje, Neuroprotezy (protezy zmysłów), Sztuczne narządy, Robotyka w medycynie, Nanotechnologie w medycynie, Systemy zarządzania informacją o pacjencie (HIS, Hospital Information Systems) - przegląd rynku (Polska) Systemy zarządzania informacją o pacjencie (HIS, Hospital Information Systems) - przegląd rynku (świat) Systemy zarządzania procesem obrazowania medycznego (RIS, Radiology Information Systems) Systemy przechowywania i udostępniania medycznych danych obrazowych (PACS, Picture Archiving and Communication Systems) Standard DICOM - historia i najnowsze rozszerzenia Metody informatyczne w projektowaniu leków Aspekty informatyczne systemów monitorowania stanu pacjenta Medycyna oparta na faktach (Evidence-based medicine) Informatyka farmaceutyczna (Pharmacy informatics) - przegląd Standardy HL7 Standard ICD (International Classification of Diseases) Elektroniczne systematyzacje terminologii medycznej na przykładzie SNOMED Przegląd najnowszych systemów wspomagania decyzji klinicznych Elektroniczna karta pacjenta (Electronic Patient Record) - najnowsze tendencje