Przedmiot obieralny dla 6 semestru kierunku Informatyka (studia dzienne).
Ankieta oceny wykładu
Prowadzący wykład:
- dr hab. inż. Krzysztof Krawiec (W, L)
- dr hab. inż. Szymon Wilk (W, L)
- dr inż. Tomasz Pawlak (L)
- mgr inż. Iwo Błądek (L)
- mgr inż. Michał Tomczyk (L)
Materialy dydaktyczne:
Laboratorium
Laboratorium koncentruje się na realizacji projektów informatycznych zorientowanych na zastosowania medyczne.
- Decyzja o wyborze projektu musi zapaść najpoźniej na drugich zajęciach laboratoryjnych.
- Projekty realizowane są w grupach dwuosobowych.
- Postęp w pracach projektowych weryfikowany jest w kilku punktach kontrolnych (checkpoints) - patrz poniższy harmonogram.
- Oceny cząstkowe wystawiane w punktach kontrolnych wpływają w sposób nieodwołalny na końcową ocenę z laboratorium.
- Ocena końcowa z laboratorium nie wpływa na ocenę z wykładu.
- Istnieje możliwość realizacji projektu zaproponowanego przez studentów, po akceptacji przez prowadzącego.
Harmonogram zajęć laboratoryjnych:
| Tydzień | Tryb | Temat |
| 1 | W | Zajęcia organizacyjne + Prezentacja tematów projektów |
| 2 | W | Prezentacja tematów projektow - c.d. Wybór tematów przez studentów. |
| 3 | W | Checkpoint 1: | Prezentacja i krótka specyfikacja projektu (20% oceny) |
| 4 | K |
| 5 | K |
| 6 | K |
| 7 | K |
| 8 | K |
| 9 | K |
| 10 | K/P |
| 9 | Grupa A | Checkpoint 2 - Gotowy projekt. Prezentacja wstepna. Ocena cząstkowa |
| 10 | Grupa B | Checkpoint 2 - Gotowy projekt. Ocena cząstkowa |
| 11 | Grupa A | Konsultacje indywidualne |
| 12 | Grupa B | Konsultacje indywidualne |
| 13 | Wszyscy | Prezentacje finalne |
| 14 | Wszyscy | Prezentacje finalne |
| 15 | Wszyscy | Zaliczenie |
Pisemny opis rozpoznania problemu i szkic koncepcji.
Lista projektów do realizacji na zajęciach laboratoryjnych:
Uwaga: poniższa lista uwzględnia głównie projekty K. Krawca, projekty prowadzone przez pozostałych prowadzących znaleźć można na stronach:
lub bezpośrednio u prowadzących.
Projekty związane bezpośrednio z urządzeniami diagnostycznymi:
- Analiza danych o objętościach struktur mózgu pod kątem ich korelacji z wybranymi zaburzeniami (głównie ADHD)
- Analiza danych z mikromacierzy z wykorzystaniem pakietu Bioconductor (KK)
- Analiza kształtu ciała modzelowatego w obrazowaniu MRI (KK)
- Symulator działania tomografu rentgenowskiego transmisyjnego KT (akwizycja obrazu przez rzutowanie i odtwarzanie przez rekonstrukcję z rzutów) (KK)
- Symulator działania tomografu MRI (KK)
- Wydawanie zapytań do bazy danych artykułów medycznych wspomagane słownikiem MeSH (w wydaniu angielskim lub polskim)
- Przeglądarka obrazów 3D pochodzących z obrazowania OCT (Optical Coherence Tomography)
- Algorytmy przetwarzania obrazów (głównie polepszanie jakości) dla obrazowania OCT (Optical Coherence Tomography)
Inne projekty:
- System e-rejestracji z przypomnieniami o wizytach (TP)
- Automatyczna ocena grubosci luski kosci skroniowej czaszki na podstawie tomografii komputerowej u osob z nieprzeziernym oknem akustycznym (KK/MP)
- Optymalizacja procesu segmentacji mozgu z obrazow T1-zaleznych za pomoca kombinacji dostepnych narzedzi (BET, BSE) (KK/MP)
- Integracja informacji z wielomodalnego obrazowania 3D w tomografii rezonansu magnetycznego - (rejestracja przestrzenna, generowanie przekrojów w trzech plaszczyznach, konwersja miedzy formatami dicom do nifti i nifti do dicom, wizualizacja z wybranymi look-up-tables) (KK/MP)
Projekty realizowane we wcześniejszych edycjach przedmiotu
- Telekonsultacje + rozwiniecie mobilne AJAX
- Aplikacja: baza danych pacjentow na serwerze + rozwiniecie mobilne
- Narzedzie przetwarzania obrazow 2D/3D na kartach graficznych, z wizualizacja (przekroje), CGfx
- DICOM: Klient/biblioteka do serwera DICOM
- Atlasy medyczne/przypadki wzorcowe: Java Server Faces, AJAX,
- Określanie typu dysplazji stawu biodrowego metoda GRAFA (USG, poradnia preluksacyjna)
- DICOM: protokol: MS Visual Studio
- Mini-telekonsultacje z uzyciem Google Toolkit
- Applet do wstepnej obrobki i uploadu zdjec do portala telemedycznego
- Symulator tomografu rentgenowskiego transmisyjnego CT (Akwizycja obrazu przez rzutowanie i odtwarzanie przez rekonstrukcję z rzutów)
- Przeglądarka bardzo dużych bitmap (np. 50000x100000 pikseli)
W uzasadnionych przypadkach istnieje możliwość realizacji laboratorium w formie napisania kilkudziesięciostronicowego eseju na wybrany temat dotyczący informatyki medycznej (realizacja jednoosobowa). Przykładowe tematy takich esejów:
Informatyka w systemach monitorowania stanu pacjenta (intensywna terapia)
Telekonsultacje,
Teleoperacje,
Neuroprotezy (protezy zmysłów),
Sztuczne narządy,
Robotyka w medycynie,
Nanotechnologie w medycynie,
Systemy zarządzania informacją o pacjencie (HIS, Hospital Information Systems) - przegląd rynku (Polska)
Systemy zarządzania informacją o pacjencie (HIS, Hospital Information Systems) - przegląd rynku (świat)
Systemy zarządzania procesem obrazowania medycznego (RIS, Radiology Information Systems)
Systemy przechowywania i udostępniania medycznych danych obrazowych (PACS, Picture Archiving and Communication Systems)
Standard DICOM - historia i najnowsze rozszerzenia
Metody informatyczne w projektowaniu leków
Aspekty informatyczne systemów monitorowania stanu pacjenta
Medycyna oparta na faktach (Evidence-based medicine)
Informatyka farmaceutyczna (Pharmacy informatics) - przegląd
Standardy HL7
Standard ICD (International Classification of Diseases)
Elektroniczne systematyzacje terminologii medycznej na przykładzie SNOMED
Przegląd najnowszych systemów wspomagania decyzji klinicznych
Elektroniczna karta pacjenta (Electronic Patient Record) - najnowsze tendencje