Zasady zaliczenia przedmiotu

  1. Na zajęciach otrzymają Państwo zadania do wykonania samodzielnie
  2. Zadania programistyczne będą miały precyzyjnie określony interfejs wejścia/wyjścia, przykładowe dane i oczekiwany wynik oraz przykład uruchomienia
  3. Rozwiązania w postaci kodu źródłowego należy przesłać na adres e-mail do dnia poprzedzającego następne zajęcia
  4. Rozwiązanie, które uruchomione tak jak w przykładzie da inny wynik niż oczekiwany jest uznawane za nieprawidłowe i dalej niesprawdzane
  5. Przesłane rozwiązania będą dokładnie testowane dla różnego rodzaju danych wejściowych (instancje łatwe/trudne, małe/duże, itp.)
  6. Na następnych zajęciach poinformuję każdego o wyniku testowania i indywidualnie ocenię przesłane rozwiązania przyznając punkty
  7. Spóźnione rozwiązania otrzymują co najwyżej 50% punktów
  8. Niesamodzielne rozwiązania otrzymują 0 punktów
  9. Z dniem końca semestru (15.06) wpisywane są oceny z pierwszego terminu na podstawie dotychczas zdobytych punktów:
    • [0; 50)% -> ocena 2.0
    • [50; 60)% -> ocena 3.0
    • [60; 70)% -> ocena 3.5
    • [70; 80)% -> ocena 4.0
    • [80; 90)% -> ocena 4.5
    • [90;100]% -> ocena 5.0
  10. Osoby, które nie uzyskają zaliczenia w pierwszym terminie, muszą do końca jesiennej sesji egzaminacyjnej poprawić swoje najniżej ocenione zadania i dostają ocenę poprawkową wyliczoną jak powyżej.

Materiały

  1. Określanie struktury drugorzędowej na podstawie modelu 3D
  2. Przewidywanie i porównywanie struktur 3D
  3. Metody anotowania struktury drugorzędowej
  4. Algorytmy przewidywania struktury drugorzędowej RNA
  5. Programowanie dynamiczne w bioinformatyce
  6. Zaawansowane wykorzystanie PyMOL-a

Podpowiedź

  1. Przewidywanie struktur RNA i białek; Miary i algorytmy porównywania struktur trzeciorzędowych
  2. Określanie struktury drugorzędowej na podstawie modelu 3D
  3. Bazy danych
  4. Wybrane problemy algorytmiczne
  5. Algorytmy przewidywania struktury drugorzędowej RNA
  6. Programowanie dynamiczne w bioinformatyce strukturalnej
  7. Wprowadzenie do dynamiki molekularnej
  8. Miary i algorytmy porównywania struktur trzeciorzędowych
  9. Bazy danych
  10. Modele i algorytmy w analizie struktury drugorzędowej
  11. Wybrane metody przewidywania struktury białek i kwasów nukleinowych
  12. Określanie struktury trzeciorzędowej
  13. Wizualizacja struktury trzeciorzędowej