Zasady zaliczenia przedmiotu

  1. Na zajęciach otrzymają Państwo zadania do wykonania samodzielnie
  2. Zadania programistyczne będą miały precyzyjnie określony interfejs wejścia/wyjścia wraz minimalnymi przykładami
  3. Rozwiązania w postaci kodu źródłowego należy przesłać na adres e-mail
  4. Rozwiązanie, które nie spełnia określonego interfejsu wejścia/wyjścia jest uznawane za nieprawidłowe i otrzymuje 0/10 punktów
  5. Prawidłowe rozwiązania będą automatycznie przetestowane
  6. Treść testów automatycznych nie będzie ujawniona, dopóki określonego zadania nie zdadzą wszystkie osoby
  7. Innymi słowy, należy nie tylko rozwiązać problem dla podanego minimalnego przykładu, ale jeszcze umiejętnie go samemu przetestować dla przypadków dużych i trudnych
  8. Punktacja za przesłane rozwiązania zależy od liczby testów, które przeszły i wygląda następująco:
    • Jeżeli otrzymam rozwiązanie w przeciągu 7 dni to odsyłam informację zwrotną o uzyskanej punktacji w skali 0-10. Od tej chwili zaczyna się okres kolejnych 7 dni kiedy można podesłać poprawione rozwiązanie, które także otrzyma 0-10 punktów. Ostatecznie uzyskana liczba punktów będzie równa maksimum z obu wyników
    • Jeżeli otrzymam zadanie po 7, ale przed upływem 14 dni, to uzyskana liczba punktów będzie z przedziału 0-10
    • Rozwiązania przesłane po 14 dniach otrzymują 50% punktów (czyli z przedziału 0-5 punktów)
    • Za zadanie rozwiązane niesamodzielnie, otrzymuje się 0 punktów oraz inne zadanie, które trzeba wykonać by zaliczyć temat zajęć (kolejne oddanie nieswojego rozwiązania skutkuje niezaliczeniem przedmiotu)
  9. Na dzień ostatnich zajęć w semestrze, wszystkie niezaliczone zadania otrzymują 0 punktów i wpisana zostaje ocena z pierwszego terminu wyliczona następująco:
    • [0; 50)% -> ocena 2.0
    • [50; 60)% -> ocena 3.0
    • [60; 70)% -> ocena 3.5
    • [70; 80)% -> ocena 4.0
    • [80; 90)% -> ocena 4.5
    • [90;100]% -> ocena 5.0
  10. Osoby, które nie uzyskają zaliczenia w pierwszym terminie, mają czas do końca jesiennej sesji egzaminacyjnej i dostają ocenę poprawkową wyliczoną jak powyżej.

Materiały

  1. Wybrane problemy algorytmiczne
  2. Przewidywanie struktur RNA i białek; Miary i algorytmy porównywania struktur trzeciorzędowych
  3. Algorytmy przewidywania struktury drugorzędowej RNA
  4. Określanie struktury drugorzędowej na podstawie modelu 3D
  5. Zaawansowane wykorzystanie PyMOL-a
  6. Programowanie dynamiczne w bioinformatyce strukturalnej
  7. Wprowadzenie do dynamiki molekularnej