Zasady zaliczenia przedmiotu
- Na zajęciach otrzymają Państwo zadania do wykonania samodzielnie
- Zadania programistyczne będą miały precyzyjnie określony interfejs wejścia/wyjścia, przykładowe dane i oczekiwany wynik oraz przykład uruchomienia
- Rozwiązania w postaci kodu źródłowego należy przesłać na adres e-mail do dnia poprzedzającego następne zajęcia
- Rozwiązanie, które uruchomione tak jak w przykładzie da inny wynik niż oczekiwany jest uznawane za nieprawidłowe i dalej niesprawdzane
- Przesłane rozwiązania będą dokładnie testowane dla różnego rodzaju danych wejściowych (instancje łatwe/trudne, małe/duże, itp.)
- Na następnych zajęciach poinformuję każdego o wyniku testowania i indywidualnie ocenię przesłane rozwiązania przyznając punkty
- Spóźnione rozwiązania otrzymują co najwyżej 50% punktów
- Niesamodzielne rozwiązania otrzymują 0 punktów
- Z dniem końca semestru (15.06) wpisywane są oceny z pierwszego terminu na podstawie dotychczas zdobytych punktów:
- [0; 50)% -> ocena 2.0
- [50; 60)% -> ocena 3.0
- [60; 70)% -> ocena 3.5
- [70; 80)% -> ocena 4.0
- [80; 90)% -> ocena 4.5
- [90;100]% -> ocena 5.0
- Osoby, które nie uzyskają zaliczenia w pierwszym terminie, muszą do końca jesiennej sesji egzaminacyjnej poprawić swoje najniżej ocenione zadania i dostają ocenę poprawkową wyliczoną jak powyżej.
Materiały
- Określanie struktury drugorzędowej na podstawie modelu 3D
- Przewidywanie i porównywanie struktur 3D
- Metody anotowania struktury drugorzędowej
- Algorytmy przewidywania struktury drugorzędowej RNA
- Programowanie dynamiczne w bioinformatyce
- Zaawansowane wykorzystanie PyMOL-a
Podpowiedź
- Przewidywanie struktur RNA i białek; Miary i algorytmy porównywania struktur trzeciorzędowych
- Określanie struktury drugorzędowej na podstawie modelu 3D
- Bazy danych
- Wybrane problemy algorytmiczne
- Algorytmy przewidywania struktury drugorzędowej RNA
- Programowanie dynamiczne w bioinformatyce strukturalnej
- Wprowadzenie do dynamiki molekularnej
- Miary i algorytmy porównywania struktur trzeciorzędowych
- Bazy danych
- Modele i algorytmy w analizie struktury drugorzędowej
- Wybrane metody przewidywania struktury białek i kwasów nukleinowych
- Określanie struktury trzeciorzędowej
- Wizualizacja struktury trzeciorzędowej