Zadanie

Celem projektu jest przygotowanie wizualizacji znanych, złożonych struktur drugorzędowych RNA
Do wizualizacji proszę wykorzystać któreś z narzędzi prezentowanych na wykładzie (poza R2DT / TRAVeLer, które rysują z szablonów)
Należy przygotować rysunek w miarę możliwości wiernie odpowiadający wzorcowi tzn. należy zachować:
- Kolory
- Etykiety
- Kszatałt
W niektórych przypadkach może być trudne (lub wręcz niemożliwe) odtworzenie gotowymi narzędziami pewnych cech rysunków z publikacji
Wówczas należy zrobić tyle ile to możliwe lub spróbować przedstawić te cechy inaczej
Można również eksportować grafikę w formacie wektorowym i ręcznie edytować by osiągnąć pożądany efekt
Proszę również o przygotowanie krótkiego zapisu co zostało wykonane

Ocena 3.0: Hatchet ribozyme

Cechy:
- P2, P3 i P4 współosiowe
- Oddziaływania pomiędzy odległymi nukleotydami

Struktura 2D:

UUACUGUGAGAAUCAGUAACAAACAUGUGGGGCUUAUAUCUAAUCGAAAGAUUAGUAUUAGUGCAGACGUUAAAACCAUGUC
((((((.......))))))...(((((...((((.(((.((((((....))))))))).))).)............))))).

Hatchet Ribozyme Structure and Implications for Cleavage Mechanism. L. Zheng, C. Falschlunger, K. Huang, E. Mairhofer, S. Yuan, J. Wang, D.J. Patel, R. Micura, A. Ren. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2019. 116(22):10783–10791. doi:10.1073/pnas.1902413116

https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1902413116

Ocena 3.5: SAM-IV riboswitch

Cechy:
- P1 i PK-1 współosiowe
- P2a i P3 współosiowe

Struktura 2D:

GGUCAUGAGUGCCAGCGUCAAGCCCCGGCUUGCUGGCCGGCAACCCUCCAACCGCGGUGGGGUGCCCCGGGUGAUGACCAGGUUGAGUAGCCGUGACGGCUACGCGGCAAGCGCGGGUC
((((....(.((((((....((.[[[[[)).)))))))(((..((((((..{{{{)).)))).)))]]]]]....))))..((((.(((((.......))))).))))....}}}}...

Cryo-EM Structure of a 40 KDa SAM-IV Riboswitch RNA at 3.7 Å Resolution. K. Zhang, S. Li, K. Kappel, G. Pintilie, Z. Su, T.-C. Mou, M.F. Schmid, R. Das, W. Chiu. Nature Communications. 2019. 10(1):5511. doi:10.1038/s41467-019-13494-7

https://www.nature.com/articles/s41467-019-13494-7

Ocena 4.0: Glutamine II riboswitch

Cechy:
- Dimer
- P1 i P2 współosiowe
- Pseudowęzeł PK

Struktura 2D:

>strand_A
CGUUCACCCUUCGGGGCGCAUGAAAUGGAGGGAACGGGUCAU
[[[[[.((((..))))..{.....((((...[[[[[{.))))
>strand_B
CGUUCACCCUUCGGGGCGCAUGAAAUGGAGGGAACGGGUCAU
[[[[[.((((..))))..{.....((((...[[[[[{.))))

Structure and Ligand Binding of the Glutamine-II Riboswitch. L. Huang, J. Wang, A.M. Watkins, R. Das, D.M.J. Lilley. Nucleic Acids Research. 2019. 47(14):7666–7675. doi:10.1093/nar/gkz539

https://academic.oup.com/nar/article/47/14/7666/5520577

Ocena 4.5: Bacterial Ribonuclease P

Cechy:
- P1, P4 i P5 współosiowe
- P8 i P9 współosiowe
- P6, P7, P10 i P12 współosiowe
- P13 i P14 współosiowe
- P15 i P16 współosiowe

Struktura 2D:

GAAGCUGACCAGACAGUCGCCGCUUCGUCGUCGUCCUCUUCGGGGGAGACGGGCGGAGGGGAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGCAGGGUGCCAGGUAACGCCUGGGGGGGAAACCCACGACCAGUGCAACAGAGAGCAAACCGCCGAUGGCCCGCGCAAGCGGGAUCAGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCGGCUGGUAACAGUCCGUGGCACGGUAAACUCCACCCGGAGCAAGGCCAAAUAGGGGUUCAUAAGGUACGGCCCGUACUGAACCCGGGUAGGCUGCUUGAGCCAGUGAGCGAUUGCUGGCCUAGAUGAAUGACUGUCCACGACAGAACCCGGCUUAUCGGUCAGUUUC
((((((((((..[[[[[..((.((((((((((.(((((....))))))))).)))))).)).....((.(((((((((...[[[[.(((((.(((((...))))).((((....))).)......................(((((..((((((((....))))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)...........)))))))))....(((......((((((.....((((.]]]])))).)))))).....))).......(((((..(....)..)))))...........]]]]............)))))))....))))))))))

Structural and Mechanistic Basis for Recognition of Alternative TRNA Precursor Substrates by Bacterial Ribonuclease P. J. Zhu, W. Huang, J. Zhao, L. Huynh, D.J. Taylor, M.E. Harris. Nature Communications. 2022. 13(1):5120. doi:10.1038/s41467-022-32843-7

https://www.nature.com/articles/s41467-022-32843-7

Ocena 5.0: Group I intron

Cechy:
P2 i P2.1 współosiowe
P3, P7 i P8 współosiowe
P9 i P9.2 współosiowe
P9.1 i P9.1a współosiowe
Pseudowęzeł P10

Struktura 2D:

CUCUCUAAAUAGCAAUAUUUACCUUUGGAGGGAAAAGUUAUCAGGCAUGCACCUGGUAGCUAGUCUUUAAACCAAUAGAUUGCAUCGGUUUAAAAGGCAAGACCGUCAAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACCACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGAUCUUCUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCACAGACUAAAUGUCGGUCGGGGAAGAUGUAUUCUUCUCAUAAGAUAUAGUCGGACCUCUCCUUAAUGGGAGCUAGCGGAUGAAGUGAUGCAACACUGGAGCCGCUGGGAACUAAUUUGUAUGCGAAAGUAUAUUGAUUAGUUUUGGAGUACUCGUAAGGUA
(((((((((..............)))))))))...((((((((((......)))))))))).((((((((((((((.......)))))))))).))))..(((((((....((((((....(((......((((.(((((((((((((((((((....)))))))))))(((.....)))....)))....).)))))))).....)))...)).))))(((..((((...((((((((.....))))))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((.....)))))))).......]]]]]]((...(((((....)))))(((((((....((((......))))....))))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).........))........

Representation of the Secondary and Tertiary Structure of Group I Introns. T.R. Cech, S.H. Damberger, R.R. Gutell. Nature Structural & Molecular Biology. 1994. 1(5):273–280. doi:10.1038/nsb0594-273

https://crw-site.chemistry.gatech.edu/CAR/1A/Structures/b.I1.e.T.thermophila.C1.LSU.1925.pdf