Publications

Journal articles

  1. RNA-Puzzles Round V: Blind Predictions of 23 RNA Structures. F. Bu, Y. Adam, R.W. Adamiak, M. Antczak, B.R.H. De Aquino, N.G. Badepally, R.T. Batey, E.F. Baulin, P. Boinski, M.J. Boniecki, J.M. Bujnicki, K.A. Carpenter, J. Chacon, S.-J. Chen, W. Chiu, P. Cordero, N.K. Das, R. Das, W.K. Dawson, F. DiMaio, F. Ding, A.-C. Dock-Bregeon, N.V. Dokholyan, R.O. Dror, S. Dunin-Horkawicz, S. Eismann, E. Ennifar, R. Esmaeeli, M.A. Farsani, A.R. Ferré-D’Amaré, C. Geniesse, G.E. Ghanim, H.V. Guzman, I.V. Hood, L. Huang, D.S. Jain, F. Jaryani, L. Jin, A. Joshi, M. Karelina, J.S. Kieft, W. Kladwang, S. Kmiecik, D. Koirala, M. Kollmann, R.C. Kretsch, M. Kurciński, J. Li, S. Li, M. Magnus, B. Masquida, S.N. Moafinejad, A. Mondal, S. Mukherjee, T.H.D. Nguyen, G. Nikolaev, C. Nithin, G. Nye, I.P.N. Pandaranadar Jeyeram, A. Perez, P. Pham, J.A. Piccirilli, S.P. Pilla, R. Pluta, S. Poblete, A. Ponce-Salvatierra, M. Popenda, L. Popenda, F. Pucci, R. Rangan, A. Ray, A. Ren, J. Sarzynska, C.M. Sha, F. Stefaniak, Z. Su, K.C. Suddala, M. Szachniuk, R. Townshend, R.J. Trachman, J. Wang, W. Wang, A. Watkins, T.K. Wirecki, Y. Xiao, P. Xiong, Y. Xiong, J. Yang, J.D. Yesselman, J. Zhang, Y. Zhang, Z. Zhang, Y. Zhou, T. Zok, D. Zhang, S. Zhang, A. Żyła, E. Westhof, Z. Miao. Nature Methods. 2025. 22(2):399–411. doi:10.1038/s41592-024-02543-9
  2. RNAtango: Analysing and Comparing RNA 3D Structures via Torsional Angles. M. Mackowiak, B. Adamczyk, M. Szachniuk, T. Zok. PLOS Computational Biology. 2024. 20(10):e1012500. doi:10.1371/journal.pcbi.1012500
  3. Knotted Artifacts in Predicted 3D RNA Structures. B.A. Gren, M. Antczak, T. Zok, J.I. Sulkowska, M. Szachniuk. PLOS Computational Biology. 2024. 20(6):e1011959. doi:10.1371/journal.pcbi.1011959
  4. New Prediction Categories in CASP15. A. Kryshtafovych, M. Antczak, M. Szachniuk, T. Zok, R.C. Kretsch, R. Rangan, P. Pham, R. Das, X. Robin, G. Studer, J. Durairaj, J. Eberhardt, A. Sweeney, M. Topf, T. Schwede, K. Fidelis, J. Moult. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 2023. 91(12):1550–1557. doi:10.1002/prot.26515
  5. When Will RNA Get Its AlphaFold Moment? B. Schneider, B.A. Sweeney, A. Bateman, J. Cerny, T. Zok, M. Szachniuk. Nucleic Acids Research. 2023. 51(18):9522–9532. doi:10.1093/nar/gkad726
  6. WebTetrado: A Webserver to Explore Quadruplexes in Nucleic Acid 3D Structures. B. Adamczyk, M. Zurkowski, M. Szachniuk, T. Zok. Nucleic Acids Research. 2023. 51(W1):W607–W612. doi:10.1093/nar/gkad346
  7. RNAloops: A Database of RNA Multiloops. J. Wiedemann, J. Kaczor, M. Milostan, T. Zok, J. Blazewicz, M. Szachniuk, M. Antczak. Bioinformatics. 2022. 38(17):4200–4205. doi:10.1093/bioinformatics/btac484
  8. Computational Pipeline for Reference-Free Comparative Analysis of RNA 3D Structures Applied to SARS-CoV-2 UTR Models. J. Gumna, M. Antczak, R.W. Adamiak, J.M. Bujnicki, S.-J. Chen, F. Ding, P. Ghosh, J. Li, S. Mukherjee, C. Nithin, K. Pachulska-Wieczorek, A. Ponce-Salvatierra, M. Popenda, J. Sarzynska, T. Wirecki, D. Zhang, S. Zhang, T. Zok, E. Westhof, Z. Miao, M. Szachniuk, A. Rybarczyk. International Journal of Molecular Sciences. 2022. 23(17):9630. doi:10.3390/ijms23179630
  9. DrawTetrado to Create Layer Diagrams of G4 Structures. M. Zurkowski, T. Zok, M. Szachniuk. Bioinformatics. 2022. 38(15):3835–3836. doi:10.1093/bioinformatics/btac394
  10. RNAspider: A Webserver to Analyze Entanglements in RNA 3D Structures. K. Luwanski, V. Hlushchenko, M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, D. Martsich, M. Szachniuk, M. Antczak. Nucleic Acids Research. 2022. 50(W1):W663–W669. doi:10.1093/nar/gkac218
  11. Characterizing Domain-Specific Open Educational Resources by Linking ISCB Communities of Special Interest to Wikipedia. A.M. Kilpatrick, F. Rahman, A. Anjum, S. Shome, K.M.S. Andalib, S. Banik, S.F. Chowdhury, P. Coombe, Y.C. Astroz, J.M. Douglas, P. Eranti, A.D. Kiran, S. Kumar, H. Lim, V. Lorenzi, T. Lubiana, S. Mahmud, R. Puche, A. Rybarczyk, S.M. Al Sium, D. Twesigomwe, T. Zok, C.A. Orengo, I. Friedberg, J.F. Kelso, L. Welch. Bioinformatics. 2022. 38(Supplement_1):i19–i27. doi:10.1093/bioinformatics/btac236
  12. ONQUADRO: A Database of Experimentally Determined Quadruplex Structures. T. Zok, N. Kraszewska, J. Miskiewicz, P. Pielacinska, M. Zurkowski, M. Szachniuk. Nucleic Acids Research. 2022. 50(D1):D253–D258. doi:10.1093/nar/gkab1118
  13. Entanglements of Structure Elements Revealed in RNA 3D Models. M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, A. Korpeta, R. Adamiak, M. Antczak, M. Szachniuk. Nucleic Acids Research. 2021. 49(17):9625–9632. doi:10.1093/nar/gkab716
  14. BioCommons: A Robust Java Library for RNA Structural Bioinformatics. T. Zok. Bioinformatics. 2021. 37(17):2766–2767. doi:10.1093/bioinformatics/btab069
  15. Progress in the Transferability of Fusion Workflows Across HPC Systems. A. Gutierrez-Milla, T. Zok, M. Owsiak, M. Plociennik, M. Mantsinen. Plasma Physics and Controlled Fusion. 2021. 63(8):084004. doi:10.1088/1361-6587/ac08f8
  16. ElTetrado: A Tool for Identification and Classification of Tetrads and Quadruplexes. T. Zok, M. Popenda, M. Szachniuk. BMC Bioinformatics. 2020. 21(1):40. doi:10.1186/s12859-020-3385-1
  17. RNAthor – Fast, Accurate Normalization, Visualization and Statistical Analysis of RNA Probing Data Resolved by Capillary Electrophoresis. J. Gumna, T. Zok, K. Figurski, K. Pachulska-Wieczorek, M. Szachniuk. PLOS ONE. 2020. 15(10):e0239287. doi:10.1371/journal.pone.0239287
  18. RNA-Puzzles Round IV: 3D Structure Predictions of Four Ribozymes and Two Aptamers. Z. Miao, R.W. Adamiak, M. Antczak, M.J. Boniecki, J. Bujnicki, S.-J. Chen, C.Y. Cheng, Y. Cheng, F.-C. Chou, R. Das, N.V. Dokholyan, F. Ding, C. Geniesse, Y. Jiang, A. Joshi, A. Krokhotin, M. Magnus, O. Mailhot, F. Major, T.H. Mann, P. Piątkowski, R. Pluta, M. Popenda, J. Sarzynska, L. Sun, M. Szachniuk, S. Tian, J. Wang, J. Wang, A.M. Watkins, J. Wiedemann, Y. Xiao, X. Xu, J.D. Yesselman, D. Zhang, Y. Zhang, Z. Zhang, C. Zhao, P. Zhao, Y. Zhou, T. Zok, A. Żyła, A. Ren, R.T. Batey, B.L. Golden, L. Huang, D.M. Lilley, Y. Liu, D.J. Patel, E. Westhof. RNA. 2020. 26(8):982–995. doi:10.1261/rna.075341.120
  19. New Models and Algorithms for RNA Pseudoknot Order Assignment. T. Zok, J. Badura, S. Swat, K. Figurski, M. Popenda, M. Antczak. International Journal of Applied Mathematics and Computer Science. 2020. 30(2):315–324. doi:10.34768/amcs-2020-0024
  20. Morality, Protection, Security and Gain: Lessons from a Minimalistic, Economically Inspired Multi-Agent Model. M. Komosinski, T. Zok. Foundations of Computing and Decision Sciences. 2020. 45(1):17–33. doi:10.2478/fcds-2020-0002
  21. Topology-Based Classification of Tetrads and Quadruplex Structures. M. Popenda, J. Miskiewicz, J. Sarzynska, T. Zok, M. Szachniuk. Bioinformatics. 2020. 36(4):1129–1134. doi:10.1093/bioinformatics/btz738
  22. RNA-Puzzles Toolkit: A Computational Resource of RNA 3D Structure Benchmark Datasets, Structure Manipulation, and Evaluation Tools. M. Magnus, M. Antczak, T. Zok, J. Wiedemann, P. Lukasiak, Y. Cao, J.M. Bujnicki, E. Westhof, M. Szachniuk, Z. Miao. Nucleic Acids Research. 2020. 48(2):576–588. doi:10.1093/nar/gkz1108
  23. RNAvista: A Webserver to Assess RNA Secondary Structures with Non-Canonical Base Pairs. M. Antczak, M. Zablocki, T. Zok, A. Rybarczyk, J. Blazewicz, M. Szachniuk. Bioinformatics. 2019. 35(1):152–155. doi:10.1093/bioinformatics/bty609
  24. RNAfitme: A Webserver for Modeling Nucleobase and Nucleoside Residue Conformation in Fixed-Backbone RNA Structures. M. Antczak, T. Zok, M. Osowiecki, M. Popenda, R.W. Adamiak, M. Szachniuk. BMC Bioinformatics. 2018. 19(1):304. doi:10.1186/s12859-018-2317-9
  25. INDIGO-DataCloud: A Platform to Facilitate Seamless Access to E-Infrastructures. D. Salomoni, I. Campos, L. Gaido, J.M. De Lucas, P. Solagna, J. Gomes, L. Matyska, P. Fuhrman, M. Hardt, G. Donvito, L. Dutka, M. Plociennik, R. Barbera, I. Blanquer, A. Ceccanti, E. Cetinic, M. David, C. Duma, A. López-García, G. Moltó, P. Orviz, Z. Sustr, M. Viljoen, F. Aguilar, L. Alves, M. Antonacci, L.A. Antonelli, S. Bagnasco, A.M.J.J. Bonvin, R. Bruno, Y. Chen, A. Costa, D. Davidovic, B. Ertl, M. Fargetta, S. Fiore, S. Gallozzi, Z. Kurkcuoglu, L. Lloret, J. Martins, A. Nuzzo, P. Nassisi, C. Palazzo, J. Pina, E. Sciacca, D. Spiga, M. Tangaro, M. Urbaniak, S. Vallero, B. Wegh, V. Zaccolo, F. Zambelli, T. Zok. Journal of Grid Computing. 2018. 16(3):381–408. doi:10.1007/s10723-018-9453-3
  26. RNApdbee 2.0: Multifunctional Tool for RNA Structure Annotation. T. Zok, M. Antczak, M. Zurkowski, M. Popenda, J. Blazewicz, R.W. Adamiak, M. Szachniuk. Nucleic Acids Research. 2018. 46(W1):W30–W35. doi:10.1093/nar/gky314
  27. New Algorithms to Represent Complex Pseudoknotted RNA Structures in Dot-Bracket Notation. M. Antczak, M. Popenda, T. Zok, M. Zurkowski, R.W. Adamiak, M. Szachniuk. Bioinformatics. 2018. 34(8):1304–1312. doi:10.1093/bioinformatics/btx783
  28. LCS-TA to Identify Similar Fragments in RNA 3D Structures. J. Wiedemann, T. Zok, M. Milostan, M. Szachniuk. BMC Bioinformatics. 2017. 18(1):456. doi:10.1186/s12859-017-1867-6
  29. RNA-Puzzles Round III: 3D RNA Structure Prediction of Five Riboswitches and One Ribozyme. Z. Miao, R.W. Adamiak, M. Antczak, R.T. Batey, A.J. Becka, M. Biesiada, M.J. Boniecki, J.M. Bujnicki, S.-J. Chen, C.Y. Cheng, F.-C. Chou, A.R. Ferré-D’Amaré, R. Das, W.K. Dawson, F. Ding, N.V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, C. Geniesse, K. Kappel, W. Kladwang, A. Krokhotin, G.E. Łach, F. Major, T.H. Mann, M. Magnus, K. Pachulska-Wieczorek, D.J. Patel, J.A. Piccirilli, M. Popenda, K.J. Purzycka, A. Ren, G.M. Rice, J. Santalucia, J. Sarzynska, M. Szachniuk, A. Tandon, J.J. Trausch, S. Tian, J. Wang, K.M. Weeks, B. Williams, Y. Xiao, X. Xu, D. Zhang, T. Zok, E. Westhof. RNA. 2017. 23(5):655–672. doi:10.1261/rna.060368.116
  30. Running Simultaneous Kepler Sessions for the Parallelization of Parametric Scans and Optimization Studies Applied to Complex Workflows. M. Owsiak, M. Plociennik, B. Palak, T. Zok, C. Reux, L.D. Gallo, D. Kalupin, T. Johnson, M. Schneider. Journal of Computational Science. 2017. 20:103–111. doi:10.1016/j.jocs.2016.12.005
  31. New Functionality of RNAComposer: Application to Shape the Axis of miR160 Precursor Structure. M. Antczak, M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, T. Ratajczak, K. Tomczyk, R.W. Adamiak, M. Szachniuk. Acta Biochimica Polonica. 2017. 63(4): doi:10.18388/abp.2016_1329
  32. Best Practices in Debugging Kepler Workflows. M. Owsiak, M. Płóciennik, B. Palak, T. Zok, O. Hoenen. Procedia Computer Science. 2016. 80:2332–2337. doi:10.1016/j.procs.2016.05.433
  33. New in Silico Approach to Assessing RNA Secondary Structures with Non-Canonical Base Pairs. A. Rybarczyk, N. Szostak, M. Antczak, T. Zok, M. Popenda, R. Adamiak, J. Blazewicz, M. Szachniuk. BMC Bioinformatics. 2015. 16(1):276. doi:10.1186/s12859-015-0718-6
  34. Building the Library of RNA 3D Nucleotide Conformations Using the Clustering Approach. T. Zok, M. Antczak, M. Riedel, D. Nebel, T. Villmann, P. Lukasiak, J. Blazewicz, M. Szachniuk. International Journal of Applied Mathematics and Computer Science. 2015. 25(3):689–700. doi:10.1515/amcs-2015-0050
  35. RNA-Puzzles Round II: Assessment of RNA Structure Prediction Programs Applied to Three Large RNA Structures. Z. Miao, R.W. Adamiak, M.-F. Blanchet, M. Boniecki, J.M. Bujnicki, S.-J. Chen, C. Cheng, G. Chojnowski, F.-C. Chou, P. Cordero, J.A. Cruz, A.R. Ferré-D’Amaré, R. Das, F. Ding, N.V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, W. Kladwang, A. Krokhotin, G. Lach, M. Magnus, F. Major, T.H. Mann, B. Masquida, D. Matelska, M. Meyer, A. Peselis, M. Popenda, K.J. Purzycka, A. Serganov, J. Stasiewicz, M. Szachniuk, A. Tandon, S. Tian, J. Wang, Y. Xiao, X. Xu, J. Zhang, P. Zhao, T. Zok, E. Westhof. RNA. 2015. 21(6):1066–1084. doi:10.1261/rna.049502.114
  36. MCQ4Structures to Compute Similarity of Molecule Structures. T. Zok, M. Popenda, M. Szachniuk. Central European Journal of Operations Research. 2014. 22(3):457–473. doi:10.1007/s10100-013-0296-5
  37. RNApdbee—a Webserver to Derive Secondary Structures from Pdb Files of Knotted and Unknotted RNAs. M. Antczak, T. Zok, M. Popenda, P. Lukasiak, R.W. Adamiak, J. Blazewicz, M. Szachniuk. Nucleic Acids Research. 2014. 42(W1):W368–W372. doi:10.1093/nar/gku330
  38. Tools, Methods and Services Enhancing the Usage of the Kepler-Based Scientific Workflow Framework. M. Płóciennik, S. Winczewski, P. Ciecieląg, F. Imbeaux, B. Guillerminet, P. Huynh, M. Owsiak, P. Spyra, T. Aniel, B. Palak, T. Zok, W. Pych, J. Rybicki. Procedia Computer Science. 2014. 29:1733–1744. doi:10.1016/j.procs.2014.05.158
  39. The European Integrated Tokamak Modelling (ITM) Effort: Achievements and First Physics Results. G.L. Falchetto, D. Coster, R. Coelho, B.D. Scott, L. Figini, D. Kalupin, E. Nardon, S. Nowak, L.L. Alves, J.F. Artaud, V. Basiuk, J.P.S. Bizarro, C. Boulbe, A. Dinklage, D. Farina, B. Faugeras, J. Ferreira, A. Figueiredo, Ph. Huynh, F. Imbeaux, I. Ivanova-Stanik, T. Jonsson, H.-J. Klingshirn, C. Konz, A. Kus, N.B. Marushchenko, G. Pereverzev, M. Owsiak, E. Poli, Y. Peysson, R. Reimer, J. Signoret, O. Sauter, R. Stankiewicz, P. Strand, I. Voitsekhovitch, E. Westerhof, T. Zok, W. Zwingmann, ITM-TF Contributors, the ASDEX Upgrade Team and JET-EFDA Contributors. Nuclear Fusion. 2014. 54(4):043018. doi:10.1088/0029-5515/54/4/043018
  40. Flexible Approach to Astronomical Data Reduction Workflows in Kepler. P. Ciecieląg, M. Płóciennik, P. Spyra, M. Urbaniak, T. Zok, W. Pych. Procedia Computer Science. 2014. 29:1756–1761. doi:10.1016/j.procs.2014.05.160
  41. Approaches to Distributed Execution of Scientific Workflows in Kepler. ITM-TF Contributors, M. Płóciennik, T. Zok, I. Altintas, J. Wang, D. Crawl, D. Abramson, F. Imbeaux, B. Guillerminet, M. Lopez-Caniego, I.C. Plasencia, W. Pych, P. Ciecieląg, B. Palak, M. Owsiak, Y. Frauel. Fundamenta Informaticae. 2013. 128(3):281–302. doi:10.3233/FI-2013-947

  42. Application Scenarios Using Serpens Suite for Kepler Scientific Workflow System. M. Płóciennik, M. Owsiak, T. Zok, B. Palak, A. Gómez-Iglesias, F. Castejón, M. Lopez-Caniego, I.C. Plasencia, A. Costantini, D. Yadykin, P. Strand. Procedia Computer Science. 2012. 9:1604–1613. doi:10.1016/j.procs.2012.04.176

Book chapters

  1. Datasets for Benchmarking RNA Design Algorithms. J. Badura, T. Zok, A. Rybarczyk. RNA Design. 2025. 2847:229–240. doi:10.1007/978-1-0716-4079-1_16
  2. Kepler-Based Workflow Environment for Astronomy. P. Ciecieląg, M. Płóciennik, P. Spyra, M. Urbaniak, T. Zok, W. Pych, A. Hypki. eScience on Distributed Computing Infrastructure. 2014. 8500:278–292. doi:10.1007/978-3-319-10894-0_20

  3. User-Friendly Frameworks for Accessing Computational Resources. B. Palak, P. Wolniewicz, M. Płóciennik, M. Owsiak, T. Zok. Building a National Distributed e-Infrastructure–PL-Grid. 2012. 7136:191–204. doi:10.1007/978-3-642-28267-6_15

Conference proceedings

  1. Distributed and Cloud-Based Multi-Model Analytics Experiments on Large Volumes of Climate Change Data in the Earth System Grid Federation Eco-System. S. Fiore, M. Plociennik, C. Doutriaux, C. Palazzo, J. Boutte, T. Zok, D. Elia, M. Owsiak, A. D’Anca, Z. Shaheen, R. Bruno, M. Fargetta, M. Caballer, G. Molto, I. Blanquer, R. Barbera, M. David, G. Donvito, D.N. Williams, V. Anantharaj, D. Salomoni, G. Aloisio. 2016 IEEE International Conference on Big Data (Big Data). 2016. 2911–2918. doi:10.1109/BigData.2016.7840941
  2. Clustering Approach to Create Libraries of Representative RNA Conformers. T. Zok, M. Antczak, M. Riedel, D. Nebel, T. Villmann, P. Lukasiak, J. Blazewicz, M. Szachniuk. Machine Learning Reports. 2015. 04/2015:18.
  3. High Level Tools for Fusion Simulations Workflows in Distributed Computing Environment. M. Plociennik, T. Zok, M. Owsiak, B. Palak, B. Guillerminet, Y. Frauel, F. Imbeaux, B. Scott. 2012 International Conference on High Performance Computing & Simulation (HPCS). 2012. 602–608. doi:10.1109/HPCSim.2012.6266980
  4. Workflows Orchestration in Distributed Computing Infrastructures. M. Plociennik, T. Zok, A. Gomez-Iglesias, F. Castejon, A. Bustos, M.A. Rodriguez-Pascua, J.L. Velasco. 2012 International Conference on High Performance Computing & Simulation (HPCS). 2012. 616–622. doi:10.1109/HPCSim.2012.6266982
  5. Serpens Suite for Kepler Workflow Orchestration System. T. Zok, M. Plociennik, M. Owsiak. UNICORE Summit Proceedings. 2011. 9:11–23.
  6. Comparison of RNA Structures in Torsional Angle Space. T. Zok, M. Szachniuk, M. Antczak. Machine Learning Reports. 2011. 01/2011:14–18.
  7. First Physics Applications of the Integrated Tokamak Modelling (ITM-TF) Tools to the MHD Stability Analysis of Experimental Data and ITER Scenarios. C. Konz, W. Zwingmann, F. Osmanlic, B. Guillerminet, F. Imbeaux, P. Huynh, M. Plociennik, M. Owsiak, T. Zok, M. Dunne. 38th EPS Conference on Plasma Physics 2011, EPS 2011 - Europhysics Conference Abstracts. 2011. 35 1:17–20.
  8. Studies of Resistive Wall Mode Stability in Multi-Parametric Space Using Grid Infrastructure. D. Yadvkin, T. Zok, M. Plociennik, M. Owsiak, P. Strand. 38th EPS Conference on Plasma Physics 2011, EPS 2011 - Europhysics Conference Abstracts. 2011. 35 2:1668–1671.

  9. Comparison of RNA Structures - Concepts and Measures. T. Zok, M. Popenda, M. Szachniuk. TU Clausthal Technical Reports. 2008. Ifi-08-06:42–44.

Preprints

  1. Comprehensive Datasets for RNA Design, Machine Learning, and Beyond. J. Badura, A. Rybarczyk, T. Zok.

Technical reports

  1. Pseudotorsion-Based Probabilistic Sampling of RNA 3D Conformational Space. T. Zok. Technical report. January 2019. Institute of Computing Science, Poznan University of Technology
  2. Biblioteka funkcji do łącznej analizy struktur 3D RNA w przestrzeni kartezjańskiej i geometrycznej. T. Zok. Technical report. February 2018. Institute of Computing Science, Poznan University of Technology

  3. Przewidywanie konformacji przestrzennych zasad azotowych na podstawie łańcucha głównego cząsteczki RNA. T. Zok, M. Antczak. Technical report. December 2015. Institute of Computing Science, Poznan University of Technology