Articles in journals

  1. ONQUADRO: a database of experimentally determined quadruplex structures. T. Zok, N. Kraszewska, J. Miskiewicz, P. Pielacinska, M. Zurkowski, M. Szachniuk. Nucleic Acids Research. 2022. 50(D1):D253–D258. doi:10.1093/nar/gkab1118

  2. Entanglements of structure elements revealed in RNA 3D models. M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, A. Korpeta, R. Adamiak, M. Antczak, M. Szachniuk. Nucleic Acids Research. 2021. 49(17):9625–9632. doi:10.1093/nar/gkab716

  3. BioCommons: a robust Java library for RNA structural bioinformatics. T. Zok. Bioinformatics. 2021. 37(17):2766–2767. doi:10.1093/bioinformatics/btab069

  4. Progress in the transferability of fusion workflows across HPC systems. A. Gutiérrez-Millà, T. Zok, M. Owsiak, M. Plociennik, M. Mantsinen. Plasma Physics and Controlled Fusion. 2021. doi:10.1088/1361-6587/ac08f8

  5. RNAthor – fast, accurate normalization, visualization and statistical analysis of RNA probing data resolved by capillary electrophoresis. J. Gumna, T. Zok, K. Figurski, K. Pachulska-Wieczorek, M. Szachniuk. PLoS One. 2020. 15(10):e0239287. doi:10.1371/journal.pone.0239287

  6. RNA-Puzzles Round IV: 3D structure predictions of four ribozymes and two aptamers. Z. Miao, R.W. Adamiak, M. Antczak, M.J. Boniecki, J.M. Bujnicki, S.-J. Chen, C.Y. Cheng, Y. Cheng, F.-C. Chou, R. Das, N.V. Dokholyan, F. Ding, C. Geniesse, Y. Jiang, A. Joshi, A. Krokhotin, M. Magnus, O. Mailhot, F. Major, T.H. Mann, P. Piatkowski, R. Pluta, M. Popenda, J. Sarzynska, L. Sun, M. Szachniuk, S. Tian, J. Wang, J. Wang, A.M. Watkins, J. Wiedemann, Y. Xiao, X. Xu, J.D. Yesselman, D. Zhang, Y. Zhang, Z. Zhang, C. Zhao, P. Zhao, Y. Zhou, T. Zok, A. Zyla, A. Ren, R.T. Batey, B.L. Golden, L. Huang, D.M. Lilley, Y. Liu, D.J. Patel, E. Westhof. RNA. 2020. 26:982–995. doi:10.1261/rna.075341.120

  7. New models and algorithms for RNA pseudoknot order assignment. T. Zok, J. Badura, S. Swat, K. Figurski, M. Popenda, M. Antczak. International Journal of Applied Mathematics and Computer Science. 2020. 30(2):315–324. doi:10.34768/amcs-2020-0024

  8. Morality, protection, security and gain: lessons from a minimalistic, economically inspired multi-agent model. M. Komosinski, T. Zok. Foundations of Computing and Decision Sciences. 2020. 45(1):17–33. doi:10.2478/fcds-2020-0002

  9. Topology-based classification of tetrads and quadruplex structures. M. Popenda, J. Miskiewicz, J. Sarzynska, T. Zok, M. Szachniuk. Bioinformatics. 2020. 36(4):1129–1134. doi:10.1093/bioinformatics/btz738

  10. ElTetrado: a tool for identification and classification of tetrads and quadruplexes. T. Zok, M. Popenda, M. Szachniuk. BMC Bioinformatics. 2020. 21(1):40. doi:10.1186/s12859-020-3385-1

  11. RNA-Puzzles toolkit: a computational resource of RNA 3D structure benchmark datasets, structure manipulation and evaluation tools. M. Magnus, M. Antczak, T. Zok, J. Wiedemann, P. Lukasiak, Y. Cao, J.M. Bujnicki, E. Westhof, M. Szachniuk, Z. Miao. Nucleic Acids Research. 2020. 48(2):576–588. doi:10.1093/nar/gkz1108

  12. RNAvista: a webserver to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs. M. Antczak, M. Zablocki, T. Zok, A. Rybarczyk, J. Blazewicz, M. Szachniuk. Bioinformatics. 2019. 35(1):152–155. doi:10.1093/bioinformatics/bty609

  13. INDIGO-DataCloud: a platform to facilitate seamless access to e-infrastructures. D. Salomoni, I. Campos, L. Gaido, J.M. de Lucas, P. Solagna, J. Gomes, L. Matyska, P. Fuhrman, M. Hardt, G. Donvito, L. Dutka, M. Plociennik, R. Barbera, I. Blanquer, A. Ceccanti, E. Cetinic, M. David, C. Duma, A. López-García, G. Moltó, P. Orviz, Z. Sustr, M. Viljoen, F. Aguilar, L. Alves, M. Antonacci, L.A. Antonelli, S. Bagnasco, A.M.J.J. Bonvin, R. Bruno, Y. Chen, A. Costa, D. Davidovic, B. Ertl, M. Fargetta, S. Fiore, S. Gallozzi, Z. Kurkcuoglu, L. Lloret, J. Martins, A. Nuzzo, P. Nassisi, C. Palazzo, J. Pina, E. Sciacca, D. Spiga, M. Tangaro, M. Urbaniak, S. Vallero, B. Wegh, V. Zaccolo, F. Zambelli, T. Zok. Journal of Grid Computing. 2018. 16(3):381–408. doi:10.1007/s10723-018-9453-3

  14. RNAfitme: a webserver for modeling nucleobase and nucleoside residue conformation in fixed-backbone RNA structures. M. Antczak, T. Zok, M. Osowiecki, M. Popenda, R.W. Adamiak, M. Szachniuk. BMC Bioinformatics. 2018. 19(1):304. doi:10.1186/s12859-018-2317-9

  15. RNApdbee 2.0: multifunctional tool for RNA structure annotation. T. Zok, M. Antczak, M. Zurkowski, M. Popenda, J. Blazewicz, R.W. Adamiak, M. Szachniuk. Nucleic Acids Research. 2018. 46(W1):W30–W35. doi:10.1093/nar/gky314

  16. New algorithms to represent complex pseudoknotted RNA structures in dot-bracket notation. M. Antczak, M. Popenda, T. Zok, M. Zurkowski, R.W. Adamiak, M. Szachniuk. Bioinformatics. 2018. 34(8):1304–1312. doi:10.1093/bioinformatics/btx783

  17. LCS-TA to identify similar fragments in RNA 3D structures. J. Wiedemann, T. Zok, M. Milostan, M. Szachniuk. BMC Bioinformatics. 2017. 18(1):456. doi:10.1186/s12859-017-1867-6

  18. RNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme. Z. Miao, R.W. Adamiak, M. Antczak, R.T. Batey, A. Becka, M. Biesiada, M.J. Boniecki, J.M. Bujnicki, S.-J. Chen, C.Y. Cheng, F.-C. Chou, A.R. Ferré-D’Amaré, R. Das, W.K. Dawson, F. Ding, N.V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, C. Geniesse, K. Kappel, W. Kladwang, A. Krokhotin, G.E. Lach, F. Major, T.H. Mann, M. Magnus, K. Pachulska-Wieczorek, D.J. Patel, J.A. Piccirilli, M. Popenda, K.J. Purzycka, A. Ren, G.M. Rice, J.J. Santalucia, J. Sarzynska, M. Szachniuk, A. Tandon, J.J. Trausch, S. Tian, J. Wang, K.M. Weeks, B.W. II, Y. Xiao, X. Xu, D. Zhang, T. Zok, E. Westhof. RNA. 2017. 23(5):655–672. doi:10.1261/rna.060368.116

  19. Running simultaneous Kepler sessions for the parallelization of parametric scans and optimization studies applied to complex workflows. M. Owsiak, M. Plociennik, B. Palak, T. Zok, C. Reux, L.D. Gallo, D. Kalupin, T. Johnson, M. Schneider. Journal of Computational Science. 2017. 20:103–111. doi:10.1016/j.jocs.2016.12.005

  20. New functionality of RNAComposer: application to shape the axis of miR160 precursor structure. M. Antczak, M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, T. Ratajczak, K. Tomczyk, R.W. Adamiak, M. Szachniuk. Acta Biochimica Polonica. 2017. 63(4): doi:10.18388/abp.2016_1329

  21. Building the library of RNA 3D nucleotide conformations using clustering approach. T. Zok, M. Antczak, M. Riedel, D. Nebel, T. Villmann, P. Lukasiak, J. Blazewicz, M. Szachniuk. International Journal of Applied Mathematics and Computer Science. 2015. 25(3):689–700. doi:10.1515/amcs-2015-0050

  22. New in silico approach to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs. A. Rybarczyk, N. Szostak, M. Antczak, T. Zok, M. Popenda, R.W. Adamiak, J. Blazewicz, M. Szachniuk. BMC Bioinformatics. 2015. 16(1):276. doi:10.1186/s12859-015-0718-6

  23. RNA-Puzzles Round II: assessment of RNA structure prediction programs applied to three large RNA structures. Z. Miao, R.W. Adamiak, M.-F. Blanchet, M. Boniecki, J.M. Bujnicki, S.-J. Chen, C. Cheng, G. Chojnowski, F.-C. Chou, P. Cordero, J.A. Cruz, A.R. Ferré-D’Amaré, R. Das, F. Ding, N.V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, W. Kladwang, A. Krokhotin, G. Lach, M. Magnus, F. Major, T.H. Mann, B. Masquida, D. Matelska, M. Meyer, A. Peselis, M. Popenda, K.J. Purzycka, A. Serganov, J. Stasiewicz, M. Szachniuk, A. Tandon, S. Tian, J. Wang, Y. Xiao, X. Xu, J. Zhang, P. Zhao, T. Zok, E. Westhof. RNA. 2015. 21(6):1066–1084. doi:10.1261/rna.049502.114

  24. MCQ4Structures to compute similarity of molecule structures. T. Zok, M. Popenda, M. Szachniuk. Central European Journal of Operations Research. 2014. 22(3):457–473. doi:10.1007/s10100-013-0296-5

  25. RNApdbee – a webserver to derive secondary structures from pdb files of knotted and unknotted RNAs. M. Antczak, T. Zok, M. Popenda, P. Lukasiak, R.W. Adamiak, J. Blazewicz, M. Szachniuk. Nucleic Acids Research. 2014. 42(W1):W368–W372. doi:10.1093/nar/gku330

  26. The European Integrated Tokamak Modelling (ITM) effort: achievements and first physics results. G.L. Falchetto, D. Coster, R. Coelho, B.D. Scott, L. Figini, D. Kalupin, E. Nardon, S. Nowak, L.L. Alves, J.F. Artaud, V. Basiuk, J.P.S. Bizarro, C. Boulbe, A. Dinklage, D. Farina, B. Faugeras, J. Ferreira, A. Figueiredo, P. Huynh, F. Imbeaux, I. Ivanova-Stanik, T. Jonsson, H.-J. Klingshirn, C. Konz, A. Kus, N.B. Marushchenko, G. Pereverzev, M. Owsiak, E. Poli, Y. Peysson, R. Reimer, J. Signoret, O. Sauter, R. Stankiewicz, P. Strand, I. Voitsekhovitch, E. Westerhof, T. Zok, W. Zwingmann, I.-T. Contributors, the A.U. Team, J.-E. Contributors. Nuclear Fusion. 2014. 54(4):043018. doi:10.1088/0029-5515/54/4/043018

  27. Approaches to distributed execution of scientific workflows in Kepler. M. Plociennik, T. Zok, I. Altintas, J. Wang, D. Crawl, D. Abramson, F. Imbeaux, B. Guillerminet, M. Lopez-Caniego, I.C. Plasencia, W. Pych, P. Ciecielag, B. Palak, M. Owsiak, Y. Frauel. Fundamenta Informaticae. 2013. 128(3):281–302. doi:10.3233/fi-2013-947

Chapters in books

  1. Kepler-based workflow environment for astronomy. P. Ciecielag, M. Plociennik, P. Spyra, M. Urbaniak, T. Zok, W. Pych, A. Hypki. eScience on Distributed Computing Infrastructure. 2014. 8500:278–292. doi:10.1007/978-3-319-10894-0_20

  2. User-friendly frameworks for accessing computational resources. B. Palak, P. Wolniewicz, M. Plociennik, M. Owsiak, T. Zok. Building a National Distributed e-Infrastructure – PL-Grid. 2012. 7136:191–204. doi:10.1007/978-3-642-28267-6_15

Conference proceedings

  1. Distributed and cloud-based multi-model analytics experiments on large volumes of climate change data in the earth system grid federation eco-system. S. Fiore, M. Plociennik, C. Doutriaux, C. Palazzo, J. Boutte, T. Zok, D. Elia, M. Owsiak, A. D’Anca, Z. Shaheen, R. Bruno, M. Fargetta, M. Caballer, G. Molto, I. Blanquer, R. Barbera, M. David, G. Donvito, D.N. Williams, V. Anantharaj, D. Salomoni, G. Aloisio. 2016 IEEE International Conference on Big Data. 2016. 2911–2918. doi:10.1109/bigdata.2016.7840941

  2. Best practices in debugging Kepler workflows. M. Owsiak, M. Plociennik, B. Palak, T. Zok, O. Hoenen. Procedia Computer Science. 2016. 80:2332–2337. doi:10.1016/j.procs.2016.05.433

  3. Running simultaneous Kepler sessions for the parallelization of parametric scans and optimization studies applied to complex workflows. M. Owsiak, M. Plociennik, B. Palak, T. Zok, C. Reux, L. Di Gallo, M. Schneider, T. Johnson, D. Kalupin. Procedia Computer Science. 2016. 80:690–699. doi:10.1016/j.procs.2016.05.362

  4. Clustering approach to create libraries of representative RNA conformers. T. Zok, M. Antczak, M. Riedel, D. Nebel, T. Villmann, P. Lukasiak, J. Blazewicz, M. Szachniuk. Machine Learning Reports. 2015. 04/2015:18.

  5. Tools, methods and services enhancing the usage of the Kepler-based scientific workflow framework. M. Plociennik, S. Winczewski, P. Ciecielag, F. Imbeaux, B. Guillerminet, P. Huynh, M. Owsiak, P. Spyra, T. Aniel, B. Palak, T. Zok, W. Pych, J. Rybicki. Procedia Computer Science. 2014. 29:1733–1744. doi:10.1016/j.procs.2014.05.158

  6. Flexible approach to astronomical data reduction workflows in Kepler. P. Ciecielag, M. Plociennik, P. Spyra, M. Urbaniak, T. Zok, W. Pych. Procedia Computer Science. 2014. 29:1756–1761. doi:10.1016/j.procs.2014.05.160

  7. Application scenarios using Serpens suite for Kepler scientific workflow system. M. Plociennik, M. Owsiak, T. Zok, B. Palak, A. Gomez-Iglesias, F. Castejon, M. Lopez-Caniego, I.C. Plasencia, A. Costantini, D. Yadykin, P. Strand. Procedia Computer Science. 2012. 9:1604–1613. doi:10.1016/j.procs.2012.04.176

  8. Serpens suite for Kepler workflow orchestration system. T. Zok, M. Plociennik, M. Owsiak. UNICORE Summit Proceedings. 2011. 9:11–23.

  9. Comparison of RNA structures in torsional angle space. T. Zok, M. Szachniuk, M. Antczak. Machine Learning Reports. 2011. 01/2011:14–18.

  10. Comparison of RNA structures - concepts and measures. T. Zok, M. Popenda, M. Szachniuk. TU Clausthal Technical Reports. 2008. Ifi-08-06:42–44.

Technical reports

  1. Pseudotorsion-based probabilistic sampling of RNA 3D conformational space. T. Zok. Technical Report. January 2019. Institute of Computing Science, Poznan University of Technology

  2. Biblioteka funkcji do łącznej analizy struktur 3D RNA w przestrzeni kartezjańskiej i geometrycznej. T. Zok. Technical Report. February 2018. Institute of Computing Science, Poznan University of Technology

  3. Przewidywanie konformacji przestrzennych zasad azotowych na podstawie łańcucha głównego cząsteczki RNA. T. Zok, M. Antczak. Technical Report. December 2015. Institute of Computing Science, Poznan University of Technology