tRNA (4YCO_D):
GCGCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGCGCAC
.((((((..((((.....[..)))).(((((.......))))).....(((((..]....)))))))))))...5s rRNA (7QIW_5):
GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAACGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCCCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCAUCCCU
(((((((((....(((((((......((((((...(....)...))))..)).....))))).))(((((.......(((((..((....)).)))))......))))))))))))))..RNase P RNA (3Q1Q_B):
GGTGAGTAGCAGGCGGUCGCGGGGGCGCACACCUGCGCUGCCGAGGGAAGUCCGGAATCUGGAGCGGGGUGCCGGGUAACGGCCGGGAGGGGUGACCCUCGGATAGGGCCAUAGAGAGGAAGACCGCCCGGGGGGAAACUUCCGGGCAAGGGUGGAACGGUGGGGUAAGAGCCCACCAGCGUCGGGGCAACCCGGCGGCUUGGCAACCCCCACCUGGAGCAAGGCCAAGCAGGGGGUUGGGUCGCUCCCCUAUUCCCCCGGGUUGGCCGCUUGAGGUGUGCGGUAACGCACACCCCAGAUUGAUGACCGCCACAGAAUCCGGCUUAUGCUCCUCUCCCGUG
((.(((.(((..[[[[[[.(((.((((((....)))))).))).{...((.(((((.((([[[[[.(((((((((.......))))(((((....)))))((...(((((.............(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......))))))(.(((((((....)))))))..).)))..))))))))))))....((((...(.((((...(((..]]]]])))....)))).)...))))......((((((((....))))))))..........]]]]]]..}....)))))))...))).))).))....SAM-I Riboswitch (4AOB_A):
GGCUUAUCAAGAGAGGGCAAGAGACUGGCUUGAUGACCCCCGGCAACCAAAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGAGGAAACGUUUGAAAGAUGAGCC
(..(..(.....(.(((....((.[.[[)).......))))(((..(((....))){)))...(]].].((.(....).))...).)..)..).SRP RNA (3NDB_M):
GUCUCGUCCCGUGGGGCUCGGCGGUGGGGGAGCAUCUCCUGUAGGGGAGAUGUAACCCCCUUUACCUGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGGCAGGACGUCGGCGCUCACGGGGGUGCGGGAC
(.((((..(((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).))))))).....)))).)Napisz program do wizualizacji typu dot plot
Wizualizacja typu dot plot to macierz N \times N (N to długość sekwencji)
Na przecięciu wiersza i oraz kolumny j znajduje się wartość 1 jeśli i-ty nukleotyd tworzy parę z j-tym, lub wartość 0 w przeciwnym razie
Zazwyczaj rysuje się jedynie dolną połowę macierzy albo oznacza się przekątną
Przykład:
Napisz program do wizualizacji typu mountain plot
Wizualizacja typu mountain plot to wykres liniowy
Na osi X odłożone są indeksy nukleotydów
Wartość dla dowolnego punktu x to liczba par, które się rozpoczęły, ale nie zakończyły w przedziale [0, x-1]
Przykład:
Napisz program do wizualizacji liniowej
Sekwencja RNA przedstawiona jest na linii poziomej
Łuki łączą sparowane nukleotydy
Przykład:
Napisz program do wizualizacji kołowej
Sekwencja RNA przedstawiona jest na obwodzie koła
Cięciwy łączą sparowane nukleotydy
Przykład:
Dopracuj graficznie wcześniej przygotowane programy: