Wstęp

Dane

Wizualizacja

  1. Otwórz VMD
  2. Z menu okna VMD Main wybierz File, New Molecule…
  3. W oknie Molecule File Browser kliknij w przycisk Browse…, wskaż plik z rozszerzeniem .prmtop (wartość w polu Determine file type powinna się automatycznie ustawić na AMBER7 Parm) i kliknij w przycisk Load
  4. Ponownie kliknij w Browse…, wskaż plik z rozszerzeniem .nc (typ pliku powinien zostać rozpoznany jaki NetCDF (Amber, MMTK)), kliknij w przycisk Load i zaobserwuj w oknie VMD OpenGL Display wczytywane na bieżąco ramki
  5. Z menu okna VMD Main wybierz Graphics, Representations
  6. W oknie Graphical Representations kliknij w przycisk Create Rep:
    1. Ustaw Selected Atoms na nucleic
    2. Ustaw Coloring Method na ResName
    3. Ustaw Drawing Method na NewCartoon
  7. Powinieneś zobaczyć wizualizację taką jak poniżej
  8. W oknie VMD Main kliknij w przycisk ▶️ (w prawym dolnym rogu, zaznaczony na zielono na zrzucie ekranu) i obserwuj zmiany zachodzące w wizualizowanej strukturze

Analiza

Najważniejsze informacje

Selekcje

Ramki trajektorii

Dodatkowe moduły

Zadanie

  1. Przygotuj wykresy pokazujące wartość promienia bezwładności i RMSD (względem współrzędnych z pierwszej ramki) dla struktury RNA w każdej trajektorii (ocena 3.0)

  2. Przyjrzyj się symulacji zapisanej jako pz31.nc. Niektóre nukleotydy są wybrzuszone, więc podczas symulacji są bardziej elastyczne.
    Przeanalizuj ułożenie zasady azotowej dla nukleotydu o numerze 46. Wykorzystaj wartość kąta torsyjnego \chi zdefiniowanego dla puryn jako O4’-C1’-N9-C4. Przygotuj histogram wartości tego kąta w trajektorii (ocena 4.0)

    Uwaga! MDAnalysis pozwala wyliczyć wartość kąta torsyjnego opisanego przez AtomGroup złożony z czterech atomów. Jednak bardzo ważna jest kolejność atomów, a zaznaczając całą czwórkę jednym wywołaniem select_atoms możemy otrzymać selekcję w dowolnej kolejności. Dlatego w przypadku kątów torsyjnych, należy AtomGroup stworzyć z połączenia czterech jednoatomowych AtomGroup

  3. W trajektorii 6GE1 mamy do czynienia z kwadrupleksem. To czteroniciowy motyw, który najczęściej tworzą guaniny. Cztery zasady azotowe tworzą tetradę dzięki niekanonicznym wiązaniom cis Watson-Crick Hoogsteen. W idealnej tetradzie atomy tworzące cztery zasady azotowe leżą na jednej płaszczyźnie, jednak w rzeczywistych strukturach występują lokalne zaburzenia. Można je zmierzyć przy pomocy parametru planarity deviation. W tym celu należy dla tetrady wyznaczyć geometryczny środek atomów N9 oraz geometryczny środek atomów C6. Wartością planarity deviation jest odległość między tymi punktami.
    Przygotuj wykres pokazujący wartość planarity deviation zmieniającą się w czasie dla tetrady złożonej z reszt o numerach 2, 9, 16, 23 (ocena 5.0)

    Do wyznaczenia geometrycznego środka można użyć AtomGroup::center_of_geometry(), które zwraca współrzędne X, Y, Z punktu.