APACS Framework

Powrót do strony głównej APACS

APACS Framework to platforma dla przeprowadzania analizy danych pochodzących z zaawansowanych technik obrazowania medycznego (KT, MRI).

Przewidywane komponenty:

1. serwer/klient DICOM,
2. process manager (broker?) - odpowiedzialny za współpracę poniższych modułów
3. front-end przez WWW
4. anonimizator - moduł odpowiedzialny za usuwanie z importowanych obrazów danych osobowycho pacjentach
5. kategoryzator - moduł odpowiedzialny za rozpoznanie modalności i typu badania (np. okreslona sekwencja, jawnie wpisany program, np. SM)
6. konwerter DICOM to NIFTI (http://afni.nimh.nih.gov/afni/), np.
   • http://www.cabiatl.com/mricro/mricron/dcm2nii.html
   • http://xmedcon.sourceforge.net/
7. uniwersalny interfejs do podłączania uslug analitycznych zorientowanych na konkrente zagadnienia medyczne (patrz projekty poniżej). Może wykorzystywać:
   • FSL: http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/index.html
   • bibliotekę do ładowania obrazów w formacie NIFTI: http://niftilib.sourceforge.net/
   • hammer
   • w przyszlosci możliwe wykorzystanie narzędzi do elastycznego mapowania kory mózgowej, np. FreeSurfer: http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/
8. dokumentacja!

Obecna wizja architektury systemu:

Założenia techniczne (już przyjęte):

• sercem systemu jest baza danych (jedna lub więcej), w której przechowujemy:
  • namiary na dane obrazowe (ścieżki do plików obrazowych w formatach DICOM i NIFTI; każdy wprowadzony do systemu obraz DICOM jest konwertowany na NIFTI ale oryginał też zostaje w systemie)
  • dane kliniczne pacjentów
  • metadane opisujące: konfigurację systemu, obrazy, definicje eksperymentów, logi eksperymentów, wyniki eksperymentów
• APACS komunikuje się ze światem zewnętrznym za pomocą:
  • protokołu DICOM przez serwer DICOM (DICOM 3.0, zgodnie ze specyfikacja NEMA); dotyczy to także raportów)
  • interfejsu WWW
• APACS akceptuje obrazy pochodzące z urządzeń produkowanych przez różnych producentów.
• Wewnętrzna reprezentacja obrazu to NIFTI (http://nifti.nimh.nih.gov/)
• OS: CentOS (redhat) lub SuSE
• OpenSource

Zidentyfikowane problemy:

• trudność standaryzacji danych klinicznych: różne eksperymenty będą wykorzystywać różne zbiory danych klinicznych (atrybuty pacjentów)
  • możliwe rozwiązanie: model EAV http://en.wikipedia.org/wiki/Entity-attribute-value_model
• trudność standaryzacji procesu wprowadzania (importowania) danych klinicznych; nie możemy obecnie założyć jednego spójnego formatu dla importu takich danych
  • => potencjalna konieczność zapewnienia możliwości ręcznego wprowadzania/korygowania danych klinicznych,

Przewidywane funkcje modułów:

• interfejs webowy: zlecanie eksperymentów,
• process manager: rozwijany na razie dość niezależnie,

TODO:

• strona WWW projektu

Inne przydatne narzędzia/strony:

• DICOM viewer/client/server K-pacs: http://www.k-pacs.net/
• Medical Imaging Resource Center MIRC
• podejscie/system http://www.rsna.org/MIRC/
• I do imaging
• Jeden z wiodących ośrodków w podobnych badaniach: http://picsl.upenn.edu/
• Repozytorium darmowych programów do neuroobrazowania: http://www.nitrc.org/

Junk:

• definiowanie grup obrazów, definiowanie przepływu danych, zbieranie i agregowanie wyników eksperymentów,

1. obrazowa baza danych - prawdopodobnie na podstawie istniejącego rozwiązania typu PACS, np.
   • Conquest,
   • CTN: http://erl.wustl.edu/research/dicom/ctn.html
     (sprawdzić w jakim stopniu utrzymywane są poszczególne projekty)