Marta Kasprzak - Publications from the years 1995-2000

Articles:

1. M. Kasprzak, "DNA sequencing - sequential and parallel methods", Proceedings of the 14th Workshop on Parallel Processing, Lessach 1995, pp. 66-72.
2. J. Blazewicz, J. Kaczmarek, M. Kasprzak, W.T. Markiewicz, J. Weglarz, "Sequential algorithms for DNA sequencing", Computational Methods in Science and Technology 1, 1996, pp. 31-42.
3. J. Blazewicz, L. Gwozdz, M. Kasprzak, M. Przysucha, "A comparison of two DNA sequencing methods", Computational Methods in Science and Technology 2, 1996, pp. 17-32. Abstract
4. J. Blazewicz, M. Kasprzak, M. Sterna, J. Weglarz, "Selected combinatorial optimization problems arising in molecular biology", Ricerca Operativa 80, 1996, pp. 35-63. Abstract
5. J. Blazewicz, J. Kaczmarek, M. Kasprzak, W.T. Markiewicz, J. Weglarz, "Sequential and parallel algorithms for DNA sequencing", Computer Applications in the Biosciences 13, 1997, pp. 151-158. Abstract or Download full text
6. J. Blazewicz, A. Cysewska-Sobusiak, A. Lerczak, M. Kasprzak, W.T. Markiewicz, "Parameter analysis of clusters of melting temperatures of DNA chains", Computational Methods in Science and Technology 3, 1997, pp. 7-17. Abstract
7. J. Blazewicz, M. Kasprzak, M. Sterna, J. Weglarz, "On some combinatorial optimization models for molecular biology", Proceedings of EURO XV, Barcelona 1997, pp. 81-103.
8. J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Kasprzak, W.T. Markiewicz, J. Weglarz, "Sequencing by hybridization with positive faults", in Genome Informatics Series 8, S. Miyano, T. Takagi (eds.), Tokyo: Universal Academy Press, 1997, pp. 35-42. Abstract
9. J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Kasprzak, W.T. Markiewicz, J. Weglarz, "DNA sequencing with positive and negative errors", Journal of Computational Biology 6, 1999, pp. 113-123. Abstract or Download full text
10. J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Kasprzak, J. Weglarz, "Informatyka a biologia obliczeniowa", Pro Dialog 8, 1999, pp. 11-26.
11. J. Blazewicz, P. Formanowicz, F. Glover, M. Kasprzak, J. Weglarz, "An improved tabu search algorithm for DNA sequencing with errors", Proceedings of the III Metaheuristics International Conference MIC'99, Angra dos Reis 1999, pp. 69-75.
12. J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Kasprzak, W.T. Markiewicz, "Isothermic oligonucleotide libraries", in Currents in Computational Molecular Biology, S. Miyano, R. Shamir, T. Takagi (eds.), Tokyo: Universal Academy Press, 2000, pp. 97-98.
13. J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Kasprzak, P. Wierzejewski, "Web server for computational biology problems", Proceedings of ISThmus 2000, Poznan 2000, pp. 77-85.
14. J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Kasprzak, "Scheduling resumable jobs in two-machine flow shop system with limited machine availability - a constraint programming approach", Proceedings of the II Workshop on Constraint Programming for Decision and Control CPDC'2000, Gliwice 2000, pp. 17-20. Abstract
15. J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Kasprzak, W.T. Markiewicz, J. Weglarz, "Tabu search for DNA sequencing with false negatives and false positives", European Journal of Operational Research 125, 2000, pp. 257-265. Abstract

Monographs and chapters:

1. M. Kasprzak, "Informatyczne aspekty zagadnien sekwencjonowania lancuchow DNA", PhD thesis, Poznan University of Technology, 1999.

Scientific reports:

1. M. Kasprzak, "Algorytm sekwencjonowania lancuchow DNA", Raport Instytutu Informatyki Politechniki Poznanskiej RB-95/003, 1995.
2. J. Blazewicz (red.), "Szeregowe i rownolegle algorytmy sekwencjonowania lancuchow DNA", Raport Poznanskiego Centrum Superkomputerowo-Sieciowego 1, 1995.
3. J. Blazewicz, A. Cysewska, M. Kasprzak, W.T. Markiewicz, A. Rybarczyk, "Parametryczna analiza skupien temperatury topnienia lancuchow DNA", Raport Poznanskiego Centrum Superkomputerowo-Sieciowego RA-029/96, 1996.
4. J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Kasprzak, W.T. Markiewicz, J. Weglarz, "DNA sequencing with positive and negative errors", Poznan Supercomputing and Networking Center report RA-002/97, 1997.
5. J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Glowczynska, M. Kasprzak, "Algorytmy wspomagajace odczytywanie genomu wykorzystujace metaheurystyke Tabu Search", Raport Poznanskiego Centrum Superkomputerowo-Sieciowego RA-005/97, 1997.
6. J. Blazewicz, M. Kasprzak, "Complexity of DNA sequencing with errors", Poznan Supercomputing and Networking Center report RA-001/99, 1999. Abstract
7. R. Adamiak, J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Kasprzak, I. Krol, M. Popenda, "Analiza przestrzennej struktury RNA z wykorzystaniem algorytmow kombinatorycznych", Raport Poznanskiego Centrum Superkomputerowo-Sieciowego RA-002/99, 1999.
8. J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Kasprzak, W. Kuroczycki, "Algorytmy heurystyczne dla zagadnien sekwencjonowania z bledami", Raport Poznanskiego Centrum Superkomputerowo-Sieciowego RA-003/99, 1999.
9. J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Jaroszewski, M. Kasprzak, W.T. Markiewicz, "Algorytmy konstruujace mapy restrykcyjne DNA", Raport Poznanskiego Centrum Superkomputerowo-Sieciowego RA-004/99, 1999.
10. J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Kasprzak, W.T. Markiewicz, "Sequencing by hybridization with isothermic oligonucleotide libraries", Poznan Supercomputing and Networking Center report RA-002/2000, 2000.
11. J. Blazewicz, P. Formanowicz, M. Kasprzak, P. Wierzejewski, "Serwer WWW udostepniajacy w Internecie uslugi konstrukcji drzew filogenetycznych oraz dopasowania sekwencji aminokwasowych", Raport Poznanskiego Centrum Superkomputerowo-Sieciowego RA-005/2000, 2000.