Publications

Peer reviewed (journals and conference proceedings)

  • M. Radom, A. Rybarczyk, B. Szawulak, H. Andrzejewski, P. Chabelski, A. Kozak, P. Formanowicz, submitted for publication.

  • D. Formanowicz, M. Radom, A. Rybarczyk, P. Formanowicz, submitted for publication.

  • D. Formanowicz, A. Rybarczyk, M. Radom, P. Formanowicz, submitted for publication.

  • D. Formanowicz, A. Rybarczyk, P. Formanowicz, Factors influencing essential hypertension and cardiovascular disease modeled and analyzed using stochastic Petri nets, Fundamenta Informaticae, 2017, accepted for publication.

  • A. Rybarczyk, A. Hertz, M. Kasprzak, J. Blazewicz, Tabu Search for the RNA Partial Degradation Problem, Int. J. Appl. Math. Comput. Sci., 2017, 27(2), 401-415, (doi:10.1515/amcs-2017-0028).

  • A. Mickiewicz, J. Sarzyńska, M. Miłostan, A. Kurzyńska-Kokorniak, A. Rybarczyk, P. Łukasiak, T. Kuliński, M. Figlerowicz, J. Błażewicz, Modeling of the catalytic core of Arabidopsis thaliana Dicer-like 4 protein and its complex with double-stranded RNA, Computational Biology and Chemistry, 2017, 66, 44-56 (doi:10.1016/j.compbiolchem.2016.11.003).

  • A. Rybarczyk, P. Jackowiak, M. Figlerowicz, J. Blazewicz, Computational prediction of non-enzymatic RNA degradation patterns, Acta Biochimica Polonica, 2016, 63(4), 745-751 (doi:10.18388/abp.2016_1331).

  • A. Hojka-Osinska, L. Budzko, A. Zmienko, A. Rybarczyk, P. Maillard, A. Budkowska, M. Figlerowicz, P. Jackowiak, RNA-Seq-based analysis of differential gene expression associated with hepatitis C virus infection in a cell culture, Acta Biochimica Polonica, 2016, 63(4), 789-798 (doi:10.18388/abp.2016_1343).

  • A. Mickiewicz, A. Rybarczyk, J. Sarzynska, M. Figlerowicz, J. Blazewicz, AmiRNA Designer - new method of artificial miRNA design, Acta Biochimica Polonica, 2016, 63: 71-77 (doi:10.18388/abp.2015_989)

  • A. Rybarczyk, N. Szostak, M. Antczak, T. Zok, M. Popenda, R.W. Adamiak, J. Blazewicz, M. Szachniuk, New in silico approach to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs, BMC Bioinformatics 16, 2015, 276 (doi:10.1186/s12859-015-0718-6).

  • N. Szostak, F. Royo, A. Rybarczyk, M. Szachniuk, J. Blazewicz, A. del Sol, J.M. Falcon-Perez, Sorting signal targeting mRNA into hepatic extracellular vesicles, RNA Biology, 11(7), 2014, 836-844 (doi:10.4161/rna.29305).

  • M. Radom, A. Rybarczyk, R. Kottmann, P. Formanowicz, M. Szachniuk, F.O. Gloeckner, D. Rebholz-Schuhmann, J. Blazewicz, Poseidon: information retrieval and extraction system for metagenomic marine science, Ecological Informatics, 2012, 12: 10-15.

  • M. Nowacka, P. Jackowiak, A. Rybarczyk, T. Magacz, P.M. Strozycki, J. Barciszewski, M. Figlerowicz, 2D-PAGE as an effective method of RNA degradome analysis, Molecular Biology Reports, 2011, 39: 139-146.

  • J. Blazewicz, M. Figlerowicz, M. Kasprzak, M. Nowacka, A. Rybarczyk, RNA Partial Degradation Problem: motivation, complexity, algorithm, Journal of Computational Biology, 2011, 18: 821-834.

  • A. Rybarczyk, rozprawa doktorska pt. Algorytmiczne aspekty procesu degradacji RNA, obrona rozprawy na Wydziale Informatyki Politechniki Poznańskiej 20.12.2010.

  • M. Radom, R. Kottmann, A. Rybarczyk, P. Formanowicz, M. Szachniuk, F.O. Gloeckner, J. Blazewicz, Cerberus: a new information retrieval tool for marine metagenomics, Foundations of Computing and Decision Sciences, 2010, 35(2): 107-126.

  • J. Podkowinski, A. Zmienko, B. Florek, P. Wojciechowski, A. Rybarczyk, J. Wrzesinski, J. Ciesiolka, J. Blazewicz, A. Kondorosi, M. Crespi, A. Legocki, Translational and structural analysis of the shortest legume enod40 gene in Lupinus luteus, Acta Biochimica Polonica, 2009, 56(1): 89-102.

  • J. Blazewicz, M. Figlerowicz, A. Rybarczyk, Branch and Bound Algorithm for Nonenzymatic RNA degradation, 2008, Proceedings of the 1 International Conference on Informational Technology, IT 2008, Gdansk, Poland.

  • M. Szachniuk, M. Radom, A. Rybarczyk, P. Formanowicz, J. Blazewicz, From document processing to an identification of marine microorganisms' habitat specificity, TU Clausthal Technical Report Series IfI-08-03, 2008, 61-63.

  • K. Jankowiak, A. Rybarczyk, R. Wyatt, I. Odrzykoski, A. Pacak, Z. Szweykowska-Kulinska, Organellar inheritance in the allopolyploid moss Rhizomnium pseudopunctatum, Taxon, 2005, 54(2): 383-388.

  • K. Jankowiak, J. Lesicka, A. Pacak, A. Rybarczyk, Z. Szweykowska-Kulinska, A comparison of group II introns of plastid tRNALys UUU genes encoding maturase protein, Cellular and Molecular Biology Letters, 2004, 9(2): 239-251.

  • A. Rybarczyk, A. Rybarczyk, K. Józefowicz, Projektowanie optymalnych filtrów aktywnych wyższych rzędów przy użyciu sztucznych sieci neuronowych (SNN), XXVI Międzynarodowa Konferencja IC-SPETO 2003, materiały konferencyjne, Gliwice-Niedzica, 28-31 maja 2003.

  • A. Rybarczyk, M. Szulc, A. Rybarczyk, Wybrane modele obliczeniowe komórki neuronu, VIII Konferencja ZkwE’2003, materiały konferencyjne, Poznań-Kiekrz, 7-9 kwietnia 2003.

  • A. Rybarczyk, A. Rybarczyk, K. Józefowicz, Sieci neuronowe w optymalnym projektowaniu filtrów aktywnych IRS, VIII Konferencja ZkwE’2003, materiały konferencyjne, Poznań-Kiekrz, 7-9 kwietnia 2003.

Scientific reports, short papers

  • Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 01/2006: Information Retrieval approach for relevant articles search, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 02/2006: Description of module for automatic sequence download, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 03/2006: Possibilities and approaches for automatic articles downloading, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Formanowicz P., Radom M., Rybarczyk A., Szachniuk M., Błażewicz J., 04/2006: Metafunctions – data acquisition subsystem, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Formanowicz P., Radom M., Rybarczyk A., Szachniuk M., Błażewicz J., 05/2006: Metafunctions – description of the structure of the data acquisition subsystem, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 06/2006: Whole genome shotgun microbial projects, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 07/2006: Automatic articles downloading, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 08/2006: Description of module for automatic sequence download, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 01/2007: Article filtering by Cerberus module, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

  • Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 02/2007: Article Retrieval System, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 03/2007: Whatizit controlled vocabularies, , projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 04/2007: Poseidon system architecture, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 05/2007: Curator Module (Trident) architecture, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 01/2008: Curator Module (Trident) architecture, version 2.0, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

  • Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 02/2008: Hermes, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 03/2008: Poseidon User Manual v.1.0, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 04/2008: Poseidon User Manual v.1.1, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 05/2008: Technical documentation of Poseidon v.1.0, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

Posters

  • J. Błażewicz, M. Figlerowicz, M. Kasprzak, K. Pajszczyk, A. Rybarczyk, poster, Algorithmic aspects of RNA Partial Degradation Problem, Polish-German Biochemical Societies Joint Meeting, 11-14.09.2012, Poznań.

  • A. Rybarczyk, M. Kasprzak, M. Figlerowicz, J. Blazewicz, poster i publikacja w materiałach konferencyjnych, Branch and cut algorithm for the RNA Partial Degradation Problem (RNA PDP), EURASNET Interdisciplinary Focus Meeting: Frontiers in Structural Biology of RNAs and RNPs, 16–18.08.2010, Poznań, Abstracts 22.

  • A. Rybarczyk, M. Kasprzak, M. Figlerowicz, J. Blazewicz, poster i publikacja w materiałach konferencyjnych, Branch and cut algorithm for the RNA Partial Degradation Problem (RNA PDP), 14th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2010), 12–15.08.2010, Lizbona, Portugalia.

  • Branch and Bound Algorithm for Nonenzymatic RNA degradation 2008 1st International Conference on Information Technology sponsored by IEEE, Gdańsk, 19 - 21 maja 2008 r.

  • Detection of habitat specific gene patterns in Metafunctions EU project Bioinformatics 2008, Warszawa, 24 – 27 kwiecień 2008 r.

  • Sieci neuronowe w optymalnym projektowaniu filtrów aktywnych IRS VIII Konferencja ZkwE’2003, Poznań-Kiekrz, 7-9 kwietnia 2003.

  • Wybrane modele obliczeniowe komórki neuronu VIII Konferencja ZkwE’2003, Poznań-Kiekrz, 7-9 kwietnia 2003.

  • Projektowanie optymalnych filtrów aktywnych wyższych rzędów przy użyciu sztucznych sieci neuronowych (SNN) XXVI Międzynarodowa Konferencja IC-SPETO 2003, Gliwice-Niedzica, 28-31 maja 2003.




Valid XHTML 1.0 Strict Poprawny CSS!
OSWD templates