Tematy prac magisterskich, inżynierskich i licencjackich
Poniższy spis obejmuje tematy prac w dziedzinie bioinformatyki i biologii obliczeniowej (w kolejności od najnowszych do najstarszych) wystawionych przeze mnie i wykonane pod moim nadzorem. W nawiasach podano wykonawców i rok obrony pracy.
Prace magisterskie
- Wykrywanie i-motywów w strukturach molekularnych ()
- MolDock Challenge – wstęp do gry w dokowanie (M. Frąckowiak, A. Mizera; 2021)
- Nowy algorytm dopasowywania struktur 3D RNA (M. Żurkowski; 2019)
- Od analizy ciągów znakowych do wizualizacji kompromisu (P. Wegrzak; 2019)
- Nowy algorytm do identyfikacji węzłów w strukturach RNA (D. Muzyka; 2018)
- Modelowanie struktury przestrzennej RNA z zastosowaniem modeli gruboziarnistych (M. Osowiecki; 2017)
- Bioinformatyczna analiza motywów w strukturach roślinnych mikroRNA (J. Kowalska, K. Rybicka; 2015)
- Wizualizacja struktury drugorzędowej RNA na ekranie dotykowym (K. Janas; 2012)
- Bakteryjne sRNA w mikrobiomie człowieka – bioinformatyczna analiza danych (J. Porzuczek; 2012)
- Bioserwer: administracja systemem i wizualizacja danych (T. Tokarek; 2012)
- Wysoko-przepustowa statystyczna analiza parametrów struktur białkowych (M. Szewczyk; 2012)
- Nowa metoda porównywania struktur molekularnych (T. Żok; 2011)
- Algorytmy modelowania struktury RNA na GPU (S. Kaczmarek; 2011)
- Repozytorium elementów strukturalnych kwasów nukleinowych – projekt i implementacja (S. Bosy; 2011)
- Statystyka elementów strukturalnych RNA (P. Mulczyński; 2011)
- RNAComposer: budowanie przestrzennej struktury RNA (N. Bartol; 2010)
- RNACompare: narzędzie do porównywania struktur RNA (A. Starikiewicz; 2010)
- Konstruowanie ścieżek transferowych na widmach NMR (M. Małaczyński; 2009)
- Wyszukiwarka fragmentów RNA – projekt i implementacja (M. Błażewicz; 2008)
- Baza drugorzędowych struktur cząsteczek RNA (W. Paczkowski; 2008)
- Algorytmy wspomagające rozwiązywanie i wyszukiwanie struktur RNA (M. Miławski; 2008)
- Analiza algorytmiczna NMR-owskich widm łańcuchów proteinowych (L. Kościński; 2006)
- Trzeciorzędowa struktura RNA – problematyka informatyczna (S. Klemczak; 2005)
- Kombinatoryczna analiza wyników eksperymentu NMR (A. Wójtowicz; 2003)
Prace inżynierskie
- Lokalna ocena jakości modeli 3D RNA (D. Grajek, L. Niedziałkowska, J. Pawłowska, P. Walczak; 2025)
- ONQUADRO: zaawansowana wyszukiwarka danych (K. Kremis, K. Matecki, F. Kokosza, D. Łukasiewicz; 2023)
- Mechanizmy zarządzania wyzwaniami na platformie RNA-Puzzles (J. Ciechanowicz, P. Sztuczka; 2022)
- Rozwój prototypu platformy internetowej RNA-Puzzles (J. Raczynski, E. Szpotanski, J. Tadej, P. Tomaszewski; 2021)
- Projekt oraz implementacja portalu RNApolis (N. Lukasiewicz, W. Orczyk, B. Piaskowski; 2020)
- Projekt oraz implementacja platformy internetowej RNA-Puzzles (L. Eckert, M. Frackowiak, A. Mizera; 2020)
- Baza danych multipętli RNA (I. Bogdanov, F. Neunert, V. Zastup; 2020)
- Nowa metoda identyfikacji pseudowęzłów (M. Żurkowski;2018)
- RNAsprite – narzędzie do obliczeń danych strukturalnych RNA (P. Ceranek; 2017)
- Serwer narzędzi bioinformatycznych (M. Jackowski, S. Szałata, M. Szewczyk, T. Tokarek; 2011)
- RNAComposer: baza danych i system obsługi użytkowników hurtowych (S. Bosy, K. Klukowski, P. Mulczyński, R. Szulc; 2010)
- Porównywanie i łączenie fragmentów RNA (T. Żok; 2010)
- Baza danych fragmentów RNA (N. Bartol, G. Kaczmarek, A. Starikiewicz, J. Staszak; 2009)
- NMR-corner: Internetowa platforma do obliczeń NMR-owskich (L. Chojnacki, P. Kiec, G. Skibiński, D. Zieliński; 2008)
- Automatyczna analiza widm NMR cząsteczek RNA (M. Miławski, W. Paczkowski; 2007)
Prace licencjackie
- Analiza konformacji komputerowych modeli 3D RNA (H. Pękalski; 2023)
- Bioinformatyczna analiza konformacji kwadrupleks-ligand (A. Zaleski; 2023)
- Właściwości zapętlonych struktur RNA (A. Korpeta; 2021)
- Modelowanie struktury RNA z udziałem danych eksperymentalnych (K. Figurski; 2019)
- Webserver dla bazy danych kwadrupleksów (P. Pielacińska; 2019)
- Algorytm cięcia i składania dużych cząsteczek RNA (J. Szymanowska; 2018)
- Wyszukiwarka pseudowęzłów w strukturach RNA (M. Podeszwa; 2018)
- Bioinformatyczne metody analizy pseudowęzłów RNA (S. Adamczak; 2018)
- Zastosowanie komputerowych symulacji dynamiki molekularnej do badań konformacyjnych pseudowęzła RNA (M. Osowiecki; 2015)
- Łamigłówki strukturalne w świecie RNA (M. Przybyła; 2013)
- Tydzień z życia bazy struktur RNA (W. Tomyślak; 2013)
- RNA w szklanej kuli, czyli o przewidywaniu struktur (J. Kowalska; 2013)