- Kierunek
- Bioinformatyka
- Rok
- I rok (semestr 2), studia II stopnia
- Semestr
- Semestr zimowy 2026/2027
- Formy zajęć
- Wykład, laboratorium
- Prowadzę od
- 2022/2023
- Wymiar
- 15 h wykładu, 15 h laboratorium · 2 ECTS
O przedmiocie
Rekonstrukcja historii ewolucyjnej na podstawie danych molekularnych: modele ewolucji molekularnej, metody dystansowe, parsymonia i największa wiarygodność, datowanie czasu dywergencji oraz współczesne zastosowania filogenetyki, m.in. w monitorowaniu ewolucji wirusów.
Tematy zajęć
Wykład
- Wprowadzenie do filogenetyki
- Modele ewolucji molekularnej i obliczanie dystansu dla sekwencji biologicznych
- Drzewa filogenetyczne i metody ich konstrukcji za pomocą metod dystansowych
- Wnioskowanie filogenetyczne w oparciu o zbiory cech
- Datowanie czasu dywergencji
- Zastosowania i współczesne kierunki rozwoju filogenetyki
Laboratorium
- Tworzenie drzew w oparciu o dopasowanie wielu sekwencji
- Macierze dystansu, algorytm addytywny, UPGMA
- Neighbour Joining
- Maksymalna parsymonia
- Największa wiarygodność
- Metody bayesowskie
- Analiza czasu dywergencji i kalibracja drzew filogenetycznych
- Monitorowanie ewolucji wirusów
Kod przedmiotu: S2Bioinf2>AFIL. Aktualna karta przedmiotu (ECTS) jest dostępna w systemie USOSweb.
Materiały i ogłoszenia
Wszystkie informacje o kursie, materiały dydaktyczne oraz zasady zaliczenia znajdują się na platformie eKursy.
Konsultacje
Wtorki, 13:30–15:00, pok. 2.6.46 (ECBiG). Proszę o wcześniejszy kontakt mailowy — dane kontaktowe.