1) Marcin Radom, Agnieszka Rybarczyk, Bartłomiej Szawulak, Hubert Andrzejewski, Piotr Chabelski, Adam Kozak, Piotr Formanowicz ; Holmes: a graphical tool for development, simulation and analysis of Petri net based models of complex biological systems; Bioinformatics, Volume 33, Issue 23, 01 December 2017, Pages 3822–3823, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx492
2) Bartłomiej Szawulak, Piotr Formanowicz; Dekompozycja sieci jako podstawa do porównywania sieci Petri; Automatyzacja Procesów Dyskretnych 2018, 215-222
3) Dorota Formanowicz, Kaja Gutowska, Bartłomiej Szawulak, Piotr Formanowicz ; The Crosstalk between SARS-CoV-2 Infection and the RAA System in Essential Hypertension-Analyses Using Systems Approach; International journal of molecular sciences, 22(19), 2021, https://doi.org/10.3390/ijms221910518
4) Bartłomiej Szawulak, Marcin Radom, Piotr Formanowicz ; Comparing Petri net-based models of biological systems using Holmes.; Bioinformatics, Volume 38, Issue 19, 1 October 2022, Pages 4652-4653, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac540
5) Bartłomiej Szawulak, Piotr Formanowicz ; Graphlets in comparison of Petri net-based models of biological systems; Scientific Reports, Volume 12, Article number: 20942 (2022), https://doi.org/10.1038/s41598-022-24535-5