1) Marcin Radom, Agnieszka Rybarczyk, Bartłomiej Szawulak, Hubert Andrzejewski, Piotr Chabelski, Adam Kozak, Piotr Formanowicz ; Holmes: a graphical tool for development, simulation and analysis of Petri net based models of complex biological systems; Bioinformatics, Volume 33, Issue 23, 01 December 2017, Pages 3822–3823, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx492
2) Bartłomiej Szawulak, Piotr Formanowicz; Dekompozycja sieci jako podstawa do porównywania sieci Petri; Automatyzacja Procesów Dyskretnych 2018, 215-222
3) Dorota Formanowicz, Kaja Gutowska, Bartłomiej Szawulak, Piotr Formanowicz ; The Crosstalk between SARS-CoV-2 Infection and the RAA System in Essential Hypertension-Analyses Using Systems Approach; International journal of molecular sciences, 22(19), 2021, https://doi.org/10.3390/ijms221910518
4) Bartłomiej Szawulak, Marcin Radom, Piotr Formanowicz ; Comparing Petri net-based models of biological systems using Holmes.; Bioinformatics, Volume 38, Issue 19, 1 October 2022, Pages 4652-4653, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac540
5) Bartłomiej Szawulak, Piotr Formanowicz ; Graphlets in comparison of Petri net-based models of biological systems; Scientific Reports, Volume 12, Article number: 20942 (2022), https://doi.org/10.1038/s41598-022-24535-5
6) Bartłomiej Szawulak, and Piotr Formanowicz ; Graphlet Degree Distribution Sensibility in Petri Net-Based Models of Biological Systems ; IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (2025), https://doi.org/10.1109/TCBBIO.2025.3555827<\p>
7) Bartłomiej Szawulak, Marcin Radom, and Piotr Formanowicz ; Comparison by partition—Finding Petri nets similarity on the basis of subnets ; Computers in Biology and Medicine, 187 (2025): 109775, https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2025.109775
1) Bartłomiej Szawulak, Tadeusz Lewaszkiewicz, Piotr Formanowicz ; Operacje na zbiorach słów jako sposób na określenie skali podobieństwa pomiędzy pokrewnymi językami (na przykładzie języków dolnołużyckiego i polskiego) ; Lětopis. Zeitschrift für sorbische Sprache, Geschichte und Kultur - 2025, no. 72, p. 1-12, https://doi.org/10.59195/lp.2025.72-51