Publications

Peer reviewed (journals and conference proceedings)

  • A. Rybarczyk, D. Formanowicz, P. Formanowicz, The Role of Macrophage Dynamics in Atherosclerosis Analyzed Using a Petri Net-Based Model, Applied Sciences, 2024, vol. 14, iss. 8, s. 3219-1-3219-23, (10.3390/app14083219).

  • A. Rybarczyk, D. Formanowicz, P. Formanowicz, Key Therapeutic Targets to Treat Hyperglycemia-Induced Atherosclerosis Analyzed Using a Petri Net-Based Model, Metabolites, 2023, 13(12), 1191-1-1191-28, (10.3390/metabo13121191).

  • A. Rybarczyk, D. Formanowicz, M. Radom, P. Formanowicz, Cholesterol Metabolism Pathways Disturbances in Atherosclerosis - Analyses Using Stochastic Petri Net-Based Model, Applied Sciences, 2023, 13(10), 6149-1-6149-28, (10.3390/app13106149).

  • A. Rybarczyk, T.P. Lehmann, E. Iwańczyk-Skalska, W. Juzwa, A. Pławski, K. Kopciuch, J. Błażewicz, P.P. Jagodziński, In silico and in vitro analysis of the impact of single substitutions within EXO-motifs on Hsa-MiR-1246 intercellular transfer in breast cancer cell, Journal of Applied Genetics, 2023, 64(1), 105-124, (10.1007/s13353-022-00730-y).

  • J. Gumna, M. Antczak, R.W. Adamiak, J.M. Bujnicki, S.-J. Chen, F. Ding, P. Ghosh, J. Li, S. Mukherjee, C. Nithin, K. Pachulska-Wieczorek, A. Ponce-Salvatierra, M. Popenda, J. Sarzyńska, T. Wirecki, D. Zhang, S. Zhang, T. Żok, E. Westhof, Z. Miao, M. Szachniuk, A. Rybarczyk, Computational Pipeline for Reference-Free Comparative Analysis of RNA 3D Structures Applied to SARS-CoV-2 UTR Models, International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23(17), 9630-1-9630-20, (10.3390/ijms23179630).

  • Kilpatrick AM, Rahman F, Anjum A, Shome S, Andalib KMS, Banik S, Chowdhury SF, Coombe P, Astroz YC, Douglas JM, Eranti P, Kiran AD, Kumar S, Lim H, Lorenzi V, Lubiana T, Mahmud S, Puche R, Rybarczyk A, Al Sium SM, Twesigomwe D, Zok T, Orengo CA, Friedberg I, Kelso JF, Welch L., Characterizing domain-specific open educational resources by linking ISCB Communities of Special Interest to Wikipedia, Bioinformatics, 2022, 24(38), i19-i27, (10.1093/bioinformatics/btac236).

  • J. Synak, A. Rybarczyk, J. Błażewicz, RNA World Modeling: A Comparison of Two Complementary Approaches, Entropy, 2022 24(4), 536-1-536-26, (10.3390/e24040536).

  • D. Formanowicz, M. Radom, A. Rybarczyk, K. Tanaś, P. Formanowicz, Control of Cholesterol Metabolism Using a Systems Approach, Biology, 2022, 11(3), 430, (10.3390/biology11030430).

  • P. Szałata, A.-M. Guner, M. Raczkowska, J. Smyrek, D. Szaj, K. Samelak, A. Rybarczyk, T.P. Lehmann, The itinerary of circulating miRNAs – implications for cancer progression and diagnosis, Journal of Medical Science, 2021, 90(2), 97-110, (10.20883/medical.e516).

  • D. Formanowicz, A. Rybarczyk, M. Radom, K. Tanaś, P. Formanowicz, A Stochastic Petri Net-Based Model of the Involvement of Interleukin 18 in Atherosclerosis, International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21(22), 8574, (10.3390/ijms21228574).

  • J. Synak, A. Rybarczyk, J. Blazewicz, Multi-agent approach to sequence structure simulation in the RNA World hypothesis, Plos One, 2020, (10.1371/journal.pone.0238253).

  • D. Formanowicz, A. Rybarczyk, M. Radom, P. Formanowicz, A role of inflammation and immunity in essential hypertension - modeled and analyzed using Petri nets, International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21(9), 3348, (10.3390/ijms21093348).

  • A. Rybarczyk, rozprawa habilitacyjna pt. Kombinatoryczne algorytmy analizy i projektowania degradomu RNA, 25.06.2019.

  • M. Antczak, M. Zablocki, T. Zok, A. Rybarczyk, J. Blazewicz, M. Szachniuk, RNAvista: a webserver to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs, Bioinformatics, 2019, 35(1), 152-155, (10.1093/bioinformatics/bty609).

  • D. Formanowicz, M. Radom, A. Rybarczyk, P. Formanowicz, The role of Fenton reaction in ROS-induced toxicity underlying atherosclerosis – modeled and analyzed using a Petri net-based approach, Biosystems, 2018, 165, 71-87, (doi.org/10.1016/j.biosystems.2018.01.002).

  • D. Formanowicz, A. Rybarczyk, P. Formanowicz, Factors influencing essential hypertension and cardiovascular disease modeled and analyzed using stochastic Petri nets, Fundamenta Informaticae, 2018, 160 (1-2), 143-165, (10.3233/FI-2018-1678).

  • M. Radom, A. Rybarczyk, B. Szawulak, H. Andrzejewski, P. Chabelski, A. Kozak, P. Formanowicz, Holmes: a graphical tool for development, simulation and analysis of Petri net based models of complex biological systems, Bioinformatics, 2017, 33(23), 3822-3823, (doi:10.1093/bioinformatics/btx492).

  • A. Rybarczyk, A. Hertz, M. Kasprzak, J. Blazewicz, Tabu Search for the RNA Partial Degradation Problem, Int. J. Appl. Math. Comput. Sci., 2017, 27(2), 401-415, (doi:10.1515/amcs-2017-0028).

  • A. Mickiewicz, J. Sarzyńska, M. Miłostan, A. Kurzyńska-Kokorniak, A. Rybarczyk, P. Łukasiak, T. Kuliński, M. Figlerowicz, J. Błażewicz, Modeling of the catalytic core of Arabidopsis thaliana Dicer-like 4 protein and its complex with double-stranded RNA, Computational Biology and Chemistry, 2017, 66, 44-56 (doi:10.1016/j.compbiolchem.2016.11.003).

  • A. Rybarczyk, P. Jackowiak, M. Figlerowicz, J. Blazewicz, Computational prediction of non-enzymatic RNA degradation patterns, Acta Biochimica Polonica, 2016, 63(4), 745-751 (doi:10.18388/abp.2016_1331).

  • A. Hojka-Osinska, L. Budzko, A. Zmienko, A. Rybarczyk, P. Maillard, A. Budkowska, M. Figlerowicz, P. Jackowiak, RNA-Seq-based analysis of differential gene expression associated with hepatitis C virus infection in a cell culture, Acta Biochimica Polonica, 2016, 63(4), 789-798 (doi:10.18388/abp.2016_1343).

  • A. Mickiewicz, A. Rybarczyk, J. Sarzynska, M. Figlerowicz, J. Blazewicz, AmiRNA Designer - new method of artificial miRNA design, Acta Biochimica Polonica, 2016, 63: 71-77 (doi:10.18388/abp.2015_989)

  • A. Rybarczyk, N. Szostak, M. Antczak, T. Zok, M. Popenda, R.W. Adamiak, J. Blazewicz, M. Szachniuk, New in silico approach to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs, BMC Bioinformatics 16, 2015, 276 (doi:10.1186/s12859-015-0718-6).

  • N. Szostak, F. Royo, A. Rybarczyk, M. Szachniuk, J. Blazewicz, A. del Sol, J.M. Falcon-Perez, Sorting signal targeting mRNA into hepatic extracellular vesicles, RNA Biology, 11(7), 2014, 836-844 (doi:10.4161/rna.29305).

  • M. Radom, A. Rybarczyk, R. Kottmann, P. Formanowicz, M. Szachniuk, F.O. Gloeckner, D. Rebholz-Schuhmann, J. Blazewicz, Poseidon: information retrieval and extraction system for metagenomic marine science, Ecological Informatics, 2012, 12: 10-15.

  • M. Nowacka, P. Jackowiak, A. Rybarczyk, T. Magacz, P.M. Strozycki, J. Barciszewski, M. Figlerowicz, 2D-PAGE as an effective method of RNA degradome analysis, Molecular Biology Reports, 2011, 39: 139-146.

  • J. Blazewicz, M. Figlerowicz, M. Kasprzak, M. Nowacka, A. Rybarczyk, RNA Partial Degradation Problem: motivation, complexity, algorithm, Journal of Computational Biology, 2011, 18: 821-834.

  • A. Rybarczyk, rozprawa doktorska pt. Algorytmiczne aspekty procesu degradacji RNA, obrona rozprawy na Wydziale Informatyki Politechniki Poznańskiej 20.12.2010.

  • M. Radom, R. Kottmann, A. Rybarczyk, P. Formanowicz, M. Szachniuk, F.O. Gloeckner, J. Blazewicz, Cerberus: a new information retrieval tool for marine metagenomics, Foundations of Computing and Decision Sciences, 2010, 35(2): 107-126.

  • J. Podkowinski, A. Zmienko, B. Florek, P. Wojciechowski, A. Rybarczyk, J. Wrzesinski, J. Ciesiolka, J. Blazewicz, A. Kondorosi, M. Crespi, A. Legocki, Translational and structural analysis of the shortest legume enod40 gene in Lupinus luteus, Acta Biochimica Polonica, 2009, 56(1): 89-102.

  • J. Blazewicz, M. Figlerowicz, A. Rybarczyk, Branch and Bound Algorithm for Nonenzymatic RNA degradation, 2008, Proceedings of the 1 International Conference on Informational Technology, IT 2008, Gdansk, Poland.

  • M. Szachniuk, M. Radom, A. Rybarczyk, P. Formanowicz, J. Blazewicz, From document processing to an identification of marine microorganisms' habitat specificity, TU Clausthal Technical Report Series IfI-08-03, 2008, 61-63.

  • K. Jankowiak, A. Rybarczyk, R. Wyatt, I. Odrzykoski, A. Pacak, Z. Szweykowska-Kulinska, Organellar inheritance in the allopolyploid moss Rhizomnium pseudopunctatum, Taxon, 2005, 54(2): 383-388.

  • K. Jankowiak, J. Lesicka, A. Pacak, A. Rybarczyk, Z. Szweykowska-Kulinska, A comparison of group II introns of plastid tRNALys UUU genes encoding maturase protein, Cellular and Molecular Biology Letters, 2004, 9(2): 239-251.

  • A. Rybarczyk, A. Rybarczyk, K. Józefowicz, Projektowanie optymalnych filtrów aktywnych wyższych rzędów przy użyciu sztucznych sieci neuronowych (SNN), XXVI Międzynarodowa Konferencja IC-SPETO 2003, materiały konferencyjne, Gliwice-Niedzica, 28-31 maja 2003.

  • A. Rybarczyk, M. Szulc, A. Rybarczyk, Wybrane modele obliczeniowe komórki neuronu, VIII Konferencja ZkwE’2003, materiały konferencyjne, Poznań-Kiekrz, 7-9 kwietnia 2003.

  • A. Rybarczyk, A. Rybarczyk, K. Józefowicz, Sieci neuronowe w optymalnym projektowaniu filtrów aktywnych IRS, VIII Konferencja ZkwE’2003, materiały konferencyjne, Poznań-Kiekrz, 7-9 kwietnia 2003.

Scientific reports, short papers

  • Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 01/2006: Information Retrieval approach for relevant articles search, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 02/2006: Description of module for automatic sequence download, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 03/2006: Possibilities and approaches for automatic articles downloading, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Formanowicz P., Radom M., Rybarczyk A., Szachniuk M., Błażewicz J., 04/2006: Metafunctions – data acquisition subsystem, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Formanowicz P., Radom M., Rybarczyk A., Szachniuk M., Błażewicz J., 05/2006: Metafunctions – description of the structure of the data acquisition subsystem, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 06/2006: Whole genome shotgun microbial projects, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 07/2006: Automatic articles downloading, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 08/2006: Description of module for automatic sequence download, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

  • Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 01/2007: Article filtering by Cerberus module, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

  • Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 02/2007: Article Retrieval System, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 03/2007: Whatizit controlled vocabularies, , projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 04/2007: Poseidon system architecture, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 05/2007: Curator Module (Trident) architecture, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 01/2008: Curator Module (Trident) architecture, version 2.0, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

  • Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 02/2008: Hermes, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 03/2008: Poseidon User Manual v.1.0, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 04/2008: Poseidon User Manual v.1.1, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

  • Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 05/2008: Technical documentation of Poseidon v.1.0, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

Posters

  • J. Błażewicz, M. Figlerowicz, M. Kasprzak, K. Pajszczyk, A. Rybarczyk, poster, Algorithmic aspects of RNA Partial Degradation Problem, Polish-German Biochemical Societies Joint Meeting, 11-14.09.2012, Poznań.

  • A. Rybarczyk, M. Kasprzak, M. Figlerowicz, J. Blazewicz, poster i publikacja w materiałach konferencyjnych, Branch and cut algorithm for the RNA Partial Degradation Problem (RNA PDP), EURASNET Interdisciplinary Focus Meeting: Frontiers in Structural Biology of RNAs and RNPs, 16–18.08.2010, Poznań, Abstracts 22.

  • A. Rybarczyk, M. Kasprzak, M. Figlerowicz, J. Blazewicz, poster i publikacja w materiałach konferencyjnych, Branch and cut algorithm for the RNA Partial Degradation Problem (RNA PDP), 14th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2010), 12–15.08.2010, Lizbona, Portugalia.

  • Branch and Bound Algorithm for Nonenzymatic RNA degradation 2008 1st International Conference on Information Technology sponsored by IEEE, Gdańsk, 19 - 21 maja 2008 r.

  • Detection of habitat specific gene patterns in Metafunctions EU project Bioinformatics 2008, Warszawa, 24 – 27 kwiecień 2008 r.

  • Sieci neuronowe w optymalnym projektowaniu filtrów aktywnych IRS VIII Konferencja ZkwE’2003, Poznań-Kiekrz, 7-9 kwietnia 2003.

  • Wybrane modele obliczeniowe komórki neuronu VIII Konferencja ZkwE’2003, Poznań-Kiekrz, 7-9 kwietnia 2003.

  • Projektowanie optymalnych filtrów aktywnych wyższych rzędów przy użyciu sztucznych sieci neuronowych (SNN) XXVI Międzynarodowa Konferencja IC-SPETO 2003, Gliwice-Niedzica, 28-31 maja 2003.




Valid XHTML 1.0 Strict Poprawny CSS!
OSWD templates