Informatyka w medycynie
Semestr letni 2017-18, studia stacjonarne
Wyniki zaliczenia
Wyniki dostępne są w tym arkuszu. Wydają się być całkiem niezłe. Progi dla ocen wyższych niż 3.0 zostały lekko obniżone (np. z 85% do 84%, aby preferencyjnie potraktować sytuacje graniczne).
Zagadnienia na zaliczenie
Poniżej zamieszczam listę zagadnień, które obowiązują na zaliczeniu wykładu. Będę zwracał uwagę na ogólną znajomość zagadnień, a nie na szczegóły implementacjne (np. istotne jest to, że wiadomość w standardzie HL7 V2 składa się z segmentów, z któych część pojawia się zawsze, a część jest uzależniona od typu wiadomości, a nie liczba i znaczenie poszczególnych pól w segmencie PID). Nie będę też pytał o daty (np. lata, w których pojawiały się kolejne wersje wybranych standardów), ani o rozmiary terminologii (np. liczby zdefniowanych terminów i relacji).
- Elektroniczna dokumentacja kliniczna
- rodzaje infrastruktury zapewniającej globalny dostęp do danych
- elektroniczna dokumentacja kliniczna w Polsce - ogólna charakterystyka planowanego rozwiązania
- Szpitalne systemy informacyjne
- moduły centralne i peryferyjne
- podstawowe funkcje poszczególnych modułów
- Standardy wymiany i kodowania danych
- standardy HL7 (V2, V3, FIHR) -- charakterystyka i zastosowanie
- model RIM (zastosowanie, podstawowe klasy), modele RMIM
- reprezentacja dokumentów z wykorzystaniem CDA oraz dokumenty CCD/CCR
- terminologia SNOMED CT, zastosowanie i struktura, podstawowe relacje między pojęciami
- system kodowania LOINC i jego praktyczne wykorzystanie
- baza WHO Drug Dictionary oraz klasyfikacja ATC, ich podstawowe zastosowanie
- systemy kodowania ICD-9-CM i ICD-10, ich podstawowa struktura oraz wykorzystanie praktyczne
- Wspomaganie decyzji klinicznych
- proces wspomagania decyzji klinicznych oraz główne klasy systemów wspomagania decyzji klinicznych (SWDK)
- podstawowe architektury SWDK oraz przykłady systemów zrealizowanych w poszczególnych architekturach
- standard Arden Syntax - idea, rozszerzenia
- Wyszukiwanie informacji i repozytoria medyczne
- medycyna oparata na dowodach (evidence-based medicine) -- idea oraz rodzaje rozważanych zapytań szczegółowych
- standard Infobuttons oraz Infobutton Manager -- idea i wykorzystanie w praktyce
Wykłady
Poniżej zamieszczam slajdy z mojej części wykładów (w formacie PDF):
Poszczególne wykłady możecie oceniać za pomocą tej ankiety. Dziękuję za przekazane oceny oraz uwagi i sugestie.
Projekty
Opisy projektów realizowanych na zajęciach laboratoryjnych oraz przydatne materiały pomocnicze.
Projekt 3 - prosta elektroniczna karta pacjenta (standard FHIR)
Uwaga: dokument ten rozszerzyłem o opis uruchamiania lokalnego serwera i ładowania na niego danych przykładowych (zamieściłem też namiary na przykładowe dane). W ten sposób można uniezależnić się od zewnętrznej infrastruktury.
Projekt 2 - wykrywanie naczyń krwionośnych
Materiały pomocnicze:
Dodatkowe przydatne materiały:
Projekt 1 - tomograf
Materiały pomocnicze:
- Wzory na wyznaczanie współrzędnych punktów odpowiadających emiterowi i detektorom (PDF)
- Przykładowe bitmapy do testów (ZIP)
Dodatkowe przydatne materiały
- Rekonstrukcja obrazu w tomografii komputerowej
- ... i jeszcze z Wikipedii
- Splot/konwolucja
- ...i jeszcze Wikipedia
- Algorytm Bresenhama
- I jeszcze jedna (całkowitoliczbowa) wersja algorytmu Bresenhama (PDF)
Materiały
Literatura
- Informatyka medyczna, R. Tadeusiewicz, Wydawnictwo UMCS, 2011 (darmowy e-book (PDF))
- Biomedical Informatics: Computer Applications in Health Care and Biomedicine, H.E. Shortlife, J.J. Cimino (red.), Springer, 2014 (uwaga: książka dostępna jest w czytelni Biblioteki PP)
Inne źródła
- OpenClinical - serwis poświęcony informatyce biomedycznej
Organizacja zajęć
Na wykładach prezentowane są wybrane zagadnienia z zakresu informatyki medycznej (w szczególności te związane z praktyką). Wykład kończy się sprawdzianem o charakterze testu otwartego. Na laboratoriach realizowane są w grupach 1-2 osobowych trzy mini-projekty (symulator tomografu, analiza obrazów medycznych, aplikacja SMART). Ocena z laboratorium jest średnią z trzech projektów.