Grant No 2019/35/B/ST6/03074, Eksploracja cech i modelowanie struktury kwadrupleksów (Feature exploration and modelling of quadruplex structures) - principal investigator;

Grant No 2016/23/B/ST6/03931, RNApolis – metody i algorytmy do modelowania i analizy struktury RNA (RNApolis - methods and algorithms to model and analyze the RNA structure) - principal investigator;

Grant No 2016/23/N/ST6/03779, Rozwój bioinformatycznych modeli do analizy struktur 3D RNA w przestrzeni kątowej (Development of bioinformatics models to analyze 3D RNA structures in torsion angle space) - supervisor;

PAN-CNR Research Project Canaletto, Zaprojektowanie i implementacja metod do integracji danych z eksperymentów analizy zmienności liczby kopii (CNV) z ekspresją genów (GE) oraz sieciami interakcji białko-białko (PPI) (Design and implemntation of methods to integrate the analysis of Copy Number Variation (CNV) experiments with Gene Expression (GE) and Protein-Protein Interaction (PPI)) - principal investigator;

Grant No 2012/05/B/ST6/03026, Informatyczne modele i metody w biologii komórkowej (Computational models and methods in cell biology) - main executor;

Grant No 2012/06/A/ST6/00384, Automatyczne, wysokoprzepustowe modelowanie struktur przestrzennych RNA (Automated, high-throughput modeling of RNA three-dimensional structures) - executor;

POIG.02.02-30-009/09, Rozwój Infrastruktury Europejskiego Centrum Bioinformatyki i Genomiki (A development of the European Centre for Bioinformatics and Genomics infrastructure) - administrative specialist;

PAN-CNR Joint Research Project, Advanced bioinformatic algorithms in molecular biology (Zaawansowane algorytmy bioinformatyczne w biologii molekularnej) - project participant;

Grant No NN519314635, Pierwszorzędowa i przestrzenna struktura kwasów nukleinowych i białek - analiza i algorytmy (Primary and tertiary structure of nucleic acids and proteins - analysis and algorithms) - executor;

FP6 project BIOPTRAIN, Bioinformatics Optimisation Training (Optymalizacja w bioinformatyce) - project manager;

FP6 project COMPUVAC, Rational design and standardized evaluation of novel genetic vaccines (Racjonalne projektowanie oraz standaryzowana ewaluacja nowych szczepionek genetycznych) - executor;

FP6 project METAFUNCTIONS, Environmental - and meta-genomics – a bioinformatic system to detect and assign functions to habitat specific gene patterns (Środowisko i metagenomy – bioinformatyczny system do odkrywania i przypisywania funkcji do uwarunkowanych środowiskowo wzorców genomowych) - senior researcher, project manager;

Grant No 3T11F00227, Informatyczne aspekty analizy strukturalnej biomolekuł (Computational aspects of biomolecule structure analysis) - executor;

MPI-PUT ESR Training Project - ESR;

Grant No 7T11F02621, Algorytmy wspomagające analizę liniowej i przestrzennej struktury kwasów nukleinowych i białek (Algorithms for an analysis of primary and tertiary structure of proteins and nucleic acids) - executor;