B. Szawulak, M. Radom, P. Formanowicz
Comparison by partition—Finding Petri nets similarity on the basis of subnets, Computers in Biology and Medicine, 2025, vol. 187 doi.org/10.1016/j.compbiomed.2025.109775

M. Radom, A. Rybarczyk, I. Piekarz, P. Formanowicz
Algorithms for evaluation of minimal cut sets, Journal of Biomedical Informatics, 2024, vol. 159 doi.org/10.1016/j.jbi.2024.104740

A. Rybarczyk, D. Formanowicz, M. Radom, K. Tanaś, P. Formanowicz
Cholesterol Metabolism Pathways Disturbances in Atherosclerosis—Analyses Using Stochastic Petri Net-Based Model, Applied Sciences, 2023, vol. 13(10), pp. 6149 doi.org/10.3390/app13106149

K. Pakuła, C. Sequeiros-Borja, W. Biała-Leonhard, A. Pawela, J. Banasiak, A. Bailly, M. Radom, M. Geisler, J. Brezovsky, M. Jasiński
Restriction of access to the central cavity is a major contributor to substrate selectivity in plant ABCG transporters, Cellular and Molecular Life Sciences, 2023, accepted for publication, vol. 80, art no. 105 doi.org/10.1007/s00018-023-04751-6

B. Szawulak, M. Radom, P. Formanowicz
Comparing Petri net-based models of biological systems using Holmes, Bioinformatics, 2022, vol. 38(19), pp. 4652-4653 doi.org/10.1093/bioinformatics/btac540

D. Formanowicz, M. Radom, A. Rybarczyk, K. Tanaś, P. Formanowicz
Control of Cholesterol Metabolism Using a Systems Approach, Biology, 2022, vol. 11(3), 430 doi.org/10.3390/biology11030430

A. Strugala, J. Jagielski, K. Kamel, G. Nowaczyk, M. Radom, M. Figlerowicz, A. Urbanowicz
Virus-like particles produced using the brome mosaic virus recombinant capsid proteinexpressed in a bacterial system, International Journal of Molecular Sciences, 2021, vol. 22(6), 3098 doi.org/10.3390/ijms22063098

D. Formanowicz, A. Rybarczyk, M. Radom, K. Tanaś, P. Formanowicz
A Stochastic Petri Net-Based Model of the Involvement of Interleukin 18 in Atherosclerosis, International Journal of Molecular Sciences, 2020, vol. 21(22), 8574 doi.org/10.3390/ijms21228574

D. Formanowicz, A. Rybarczyk, M. Radom, P. Formanowicz
A Role of Inflammation and Immunity in Essential Hypertension—Modeled and Analyzed Using Petri Nets, International Journal of Molecular Sciences, 2020, vol. 19(1), 3348 doi.org/10.3390/ijms21093348

M. Radom, M.A. Machnicka, J. Krwawicz, J.M. Bujnicki, P. Formanowicz
Petri net–based model of the human DNA base excision repair pathway, PLOS ONE, 2019, vol. 14(9), doi: 10.1371/journal.pone.0217913

J. Olszak, M. Radom, P. Formanowicz
Some aspects of modeling and analysis of complex biological systems using time Petri nets, Bulletin of the Polish Academy of Sciences. Technical Sciences, 2018, vol. 66(1), pp. 67-78, doi:10.24425/119060

D. Formanowicz, M. Radom, A. Rybarczyk, P. Formanowicz
The role of Fenton reaction in ROS-induced toxicity underlying atherosclerosis - modeled and analyzed using a Petri net-based approach, Biosystems, 2018, vol. 165, pp. 71-87, doi:10.1016/j.biosystems.2018.01.002

M. Radom, P. Formanowicz
An Algorithm for Sequencing by Hybridization Based on an Alternating DNA Chip, Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences, 2018, vol. 10(3), pp. 605-615, doi: 10.1007/s12539-017-0220-0

K. Kwarciak, M. Radom, P. Formanowicz
Computational aspects of DNA sequencing by hybridization – a survey, Computational Methods in Science and Technology, 2018, vol. 24(4), pp. 259-271, doi:10.12921/cmst.2018.0000055

M. Radom, A. Rybarczyk, B. Szawulak, H. Andrzejewski, P. Chabelski, A. Kozak, P. Formanowicz
Holmes: a graphical tool for development, simulation and analysis of Petri net based models of complex biological systems, Bioinformatics, 2017, vol. 33(23), pp. 3822–3823, doi:10.1093/bioinformatics/btx492

D. Formanowicz, M. Radom, P. Zawierucha, P. Formanowicz
Petri net-based approach to modeling and analysis of selected aspects of the molecular regulation of angiogenesis, PLOS ONE, 2017, vol. 12(3), e0173020, doi:10.1371/journal.pone.0173020

K. Kwarciak, M. Radom, P. Formanowicz
A multilevel ant colony optimization algorithm for classical and isothermic DNA sequencing by hybridization with multiplicity information available, Computational Biology and Chemistry, 2016, vol. 61, pp. 109-120, doi:10.1016/j.compbiolchem.2016.01.010

D. Formanowicz, M. Wanic-Kossakowska, E. Pawliczak, M. Radom, P. Formanowicz
Usefulness of serum interleukin-18 in predicting cardiovascular mortality in patients with chronic kidney disease - systems and clinical approach, Scientific Reports, 2015, vol. 5, Article number: 18332, doi:10.1038/srep18332

D. Formanowicz, M. Radom, P. Formanowicz
Modelowanie udziału żelaza w powstawaniu miażdżycy - podejście systemowe , Kosmos, 2014, vol. 63(3), pp. 331-344

D. Formanowicz, A. Kozak, T. Głowacki, M. Radom, P. Formanowicz
Hemojuvelin-hepcidin axis modeled and analyzed using Petri nets, Journal of Biomedical Informatics, 2013, vol. 46(6), pp. 1030-1043, doi:10.1016/j.jbi.2013.07.013

P. Zawierucha, D. Formanowicz, M. Radom, B. Kempisty, P. Sosińska, K. Wojtowicz, P. Formanowicz, W. Witkiewicz, M. Nowicki
Biologia systemów: sieci Petriego w zaawansowanym modelowaniu procesów biologicznych, Postępy Biologii Komórki, 2012, vol. 39(4), pp. 611-636

M. Radom, A. Rybarczyk, R. Kottmann, P. Formanowicz, M. Szachniuk, F.O. Glockner, D. Rebholz-Schuhmann, J. Błażewicz
Poseidon: An information retrieval and extraction system for metagenomic marine science, Ecological Informatics, 2012, vol. 12, pp. 10-15, doi:10.1016/j.ecoinf.2012.07.003

M. Radom, P. Formanowicz
Algorytm sekwencjonowania DNA przy użyciu chipu binarnego dla wszystkich typów błędów hybrydyzacji, Automatyzacja procesów dyskretnych, Gliwice 2012, tom II, pp. 215-224.

M. Radom, P. Formanowicz
Algoritms for sequencing by hybridization problems bases on non-classical DNA chips, Przegląd Elektrotechniczny, 2010, vol. 9, pp. 97-100, doi:10.1007/s12539-017-0220-0

M. Radom, R. Kottmann, A. Rybarczyk, P. Formanowicz, M. Szachniuk, F.O. Gloeckner, J. Blazewicz
Cerberus: a new information retrieval tool for marine metagenomics, Foundations of Computing and Decision Sciences, 2010, vol. 35 no. 2, , pp. 107-126

M. Jasiński, J. Banasiak, M. Radom, A. Kalitkiewicz, M. Figlerowicz
Full-size ABC transporters from the ABCG subfamily in Medicago truncatula, Molecular Plant-Microbe Interactions, 2009, vol. 22 no. 8, pp. 921-931, doi:10.1094/MPMI-22-8-0921

K. Kwarciak, M. Radom, P. Formanowicz
Sekwencjonowanie DNA z błędami negatywnymi oraz informacją o powtórzeniach, Zeszyty Naukowe Politechniki Śląskiej, 2008, vol. 151, pp. 215-222

M. Radom
Kombinatoryczne aspekty nieklasycznego sekwencjonowania DNA przez hybrydyzację, PhD thesis, 2011, Institute of Computing Science, Poznan University of Technology. (pdf)

M. Radom
Sekwencjonowanie DNA za pomocą nieklasycznych bibliotek oligonukleotydów, MSc thesis, 2005, Institute of Computing Science, Poznan University of Technology.

26-29.09.2018, XXI Krajowa Konferencja Automatyzacji Procesów Dyskretnych, Zakopane, "Symulacja stochastyczna sieci Petriego i jej zastosowanie w analizie systemów biologicznych" (M. Radom, P. Formanowicz);

28-30.06.2018, BIT 2018 - Bioinformatics In Torun, Toruń, Polska, referat, "Atherosclerosis process analyzed with stochastics Petri net model and its simulation." (D. Formanowicz, M. Radom, P. Formanowicz);

22-24.06.2017, BIT 2017 - Bioinformatics In Torun, Toruń, Polska, referat, "Stochastic Petri model of a cholesterol metabolism and its analysis" (M. Radom, D. Formanowicz, P. Formanowicz);

21-24.09.2016, XX Krajowa Konferencja Automatyzacji Procesów Dyskretnych, Zakopane, "Metody analizy modeli systemów biologicznych opartych na czasowych sieciach Petriego" (M. Radom, J. Olszak, P. Formanowicz);

3-6.07.2016, 28th European Conference on Operational Research (EURO2016), Poznań, "The Influence of Blood Pressure on the Formation and Development of Atherosclerosis Modeled and Analyzed Using Stochastic Petri Nets" (M. Radom, D. Formanowicz, R. Urbaniak, P. Formanowicz);

19-24.06.2016, 37th International Conference on Applications and Theory of Petri Nets and Concurrency, 7th International Workshop on Biological Processes & Petri Nets (BioPPN 2016), Toruń, "The influence of IL-18 on the process of atherosclerosis modeled and analyzed by stochastic Petri net" (D. Formanowicz, M. Radom, P. Formanowicz);

18-19.10.2015, Gliwickie Spotkania Naukowe 2015, Gliwice, "The role of iron ions in the process of atherosclerosis modeled using qualitative Petri net" (D. Formanowicz, M. Radom, A. Rybarczyk, P. Formanowicz);

10-14.6.2015, 14th European Conference on Computational Biology ISMB/ECCB 2015, Dublin, "Analysis of time Petri net model of atherosclerosis process" (D. Formanowicz, M. Radom, P. Formanowicz);

24-29.5.2015, The Seventh International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies BIOTECHNO 2015, Rzym, "Cluster Based Analysis Of Petri Net Properties" (M. Radom, A. Rybarczyk, P. Formanowicz);

12-15.4.2015, RECOMB 2015, Warszawa, "The importance of iron in the process of atherosclerosis modeled by Petri net based approach" (D. Formanowicz, M. Radom, A. Rybarczyk, P. Formanowicz);

30.10-3.11.2014, iGEM 2014 Jamboree, Boston, USA, referaty w kategoriach Biologia Syntetyczna oraz Oprogramowanie, "REColi: Signal amplification and formattable bacterial memory by DNA edition" oraz "MUFASA: Multiple fragments assembler for scarless cloning of big genetic constructs."(W. Krzynówek, M. Nowicka, K. Rżosińska, J. Bartoszewicz);

17-20.09.2014, XIX Krajowa Konferencja Automatyzacji Procesów Dyskretnych, Zakopane, Polska, referat, "Metody analizy ilościowych modeli systemów biologicznych opartych na sieciach Petriego" (M. Radom, D. Formanowicz, P. Formanowicz);

26-28.06.2014, IV EURO WG Conference on Operational Research in Computational Biology, Bioinformatics and Medicine, Biedrusko, Polska referat, "A Petri net based model of interleukin-18 involvement in atherosclerosis" (M. Radom, D. Formanowicz, P. Formanowicz);

11-13.10.2013, iGEM 2013 Regional Jamboree: Europe, Lyon, Francja, referat, "SR-MUX: a biological multiplexer with 3-bit editable transcriptional memory" (W. Krzynówek, M. Nowicka, J. Bartoszewicz.);

1-4.07.2013, EURO XXVI: 26th European Congress on Operational Research, Rzym, Włochy, referat, "Biological and statistical analysis of human cholesterol metabolism based on Petri net modeling" (M. Radom, D. Formanowicz, P. Formanowicz);

27-29.09.2012, BIT - Bioinformatics In Torun, Toruń, Polska, referat, "Cholesterol metabolism modeled and analyzed by using Petri net based approach" (M. Radom, D. Formanowicz, P. Formanowicz);

19-22.09.2012, Krajowa Konferencja Optymalizacji Procesów Dyskretnych, Zakopane, Polska, referat, "Algorytm sekwencjonowania DNA przy użyciu chipu binarnego dla wszystkich typów błędów hybrydyzacji" (M. Radom, P. Formanowicz);

13-15.09.2012, The 2012 Mini EURO Conference on Computational Biology, Bioinformatics and Medicine, University of Nottingham, (talk) Petri net models of DNA repair processes (M. Radom);

17-19.07.2011, Intelligent Systems for Molecular Biology and 10th European Conference on Computational Biology, Vienna, Austria, poster "A new algorithm for sequencing by hybridization based on non-classical approach" (M. Radom);

1-3.10.2010, III Convention of the Polish Bioinformatics Society in conjunction with 8th Workshop on Bioinformatics, Ustroń, Polska, prezentacja, "On algorithms for non-classical sequencing by hybridization" (M. Radom);

22-25.09.2010, Krajowa Konferencja Optymalizacji Procesów Dyskretnych, Zakopane, Polska, prezentacja, "Algorytmy dla problemów sekwencjonowania przez hybrydyzację opartych o klasyczne chipy DNA" (M. Radom, P. Formanowicz);

05-08.07.2009, EURO XXIII: 23rd European Congress on Operational Research, Bonn, Germany, prezentacja "Algorithm for non-classical sequencing by hybridization" (M. Radom, P. Formanowicz);

3-5.10.2008, 6th Poznan-Warsaw Computational Biology Workshop, Jadwisin, Polska, prezentacja, "On a classification of marine metagenomic papers" (M. Radom);

15-17.09.2008, Mini EURO Conference on Computational Biology, Bioinformatics and Medicine, Rome, Italy, prezentacja, "Non-classical sequencing by hybridization problems and algorithms" (P. Formanowicz, M. Radom);

08-11.07.2007, EURO XXII: 22nd European Congress on Operational Research, Praque, Czech Republic, prezentacja, "Sequencing by hybridization with non-standard oligonucleotide libraries", (P. Formanowicz, M. Radom); Book of Abstracts;

M. Szachniuk, M. Radom, A. Rybarczyk, P. Formanowicz, J. Blazewicz
From document processing to an identification of marine microorganisms' habitat specificity, TU Clausthal Technical Report Series IfI-08-03, 2008, pp. 61-63.

Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 01/2006: Information Retrieval approach for relevant articles search, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 02/2006: Description of module for automatic sequence download, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 03/2006: Possibilities and approaches for automatic articles downloading, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

Formanowicz P., Radom M., Rybarczyk A., Szachniuk M., Błażewicz J., 04/2006: Metafunctions – data acquisition subsystem, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

Formanowicz P., Radom M., Rybarczyk A., Szachniuk M., Błażewicz J., 05/2006: Metafunctions – description of the structure of the data acquisition subsystem, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 06/2006: Whole genome shotgun microbial projects, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 07/2006: Automatic articles downloading, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 08/2006: Description of module for automatic sequence download, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2006 r.

Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 01/2007: Article filtering by Cerberus module, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 02/2007: Article Retrieval System, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 03/2007: Whatizit controlled vocabularies, , projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 04/2007: Poseidon system architecture, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 05/2007: Curator Module (Trident) architecture, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2007 r.

Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 01/2008: Curator Module (Trident) architecture, version 2.0, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

Radom M., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 02/2008: Hermes, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 03/2008: Poseidon User Manual v.1.0, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 04/2008: Poseidon User Manual v.1.1, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.

Rybarczyk A., Radom M., Formanowicz P., Szachniuk M., Błażewicz J., 05/2008: Technical documentation of Poseidon v.1.0, projekt UE Metafunctions 2005-2008, raport techniczny, 2008 r.