Zaburzenia krazenia mozgowego u czlowieka sa badanie za
pomoca pomiarów predkosci przeplywu medodą ultrasonografii
dopplerowskiej przez naczynia doprowadzające krew do mózgu. Na tej
podstawie mozna okreslic zwezenie w pojedynczym naczyniu, jednak ze
wzgledu na bardzo zlozona strukture tych naczyn oraz ich strukturalna
zmiennosc w populacji brak normy uwzgledniającej taką wariancje oraz
przede wszystkim hierarchicznosc zaburzen przeplywu tj jesli
zaburzenie jest w naczyniu w szyji to trudno sie spodziewac normy w
naczyniu w mozgu, a jesli taka "norma" jest tam obserwowana to tylko
ze wzgledu na bardzo zaawansowane mechanizmy adaptacyjne.
Dane:
- Badanie dla jednego pacjenta obejmuje 8 pomiarow spektrum naczyn szyjnych oraz 13 wewnatrzczaszkowych.
- Kazdy pomiar spektrum redukuje sie do trzech cech, dwoch wspolczynnikow tych cech oraz parametru kontrolnego (kąta insonacji).
- Daje to razem 21 naczyn * (3 cechy, 2 wspolczynniki cech) ~ 105 elementow dla badania pacjenta.
- Mamy aktualnie 1220 badan (w sumie okolo 1100 unikatowych pacjentow)
Dostepny ultrasonograf posiada juz opracowana w polowie ostatniej
dekady modalnosc dicom SR (structured reporting), ktora umozliwia
przechowywanie i ekstrakcje danych w plikach dicom o strukturze
podobnej do xml. Dane sa dostepne w formacie dicom SR.
Zadania:
- Napisac parser plikow Dicom SR i jednoczesnie konwerter do formatu tabelarycznego (w najprostszym przypadku CSV)
- Przeprowadzic wstepna analize danych (statystyki opisowe, prosta analiza zaleznosci pomiedzy atrybutami), z wykorzytaniem pakietow R i/lub WEKA.
Przykładowe pliki (rozszerzenia txt dodane w zwiazku z wymogami PMWiki):
Referencje:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19854564
- Advances of Computational Intelligence in Industrial Systems, Studies in Computational Intelligence, 2008, Volume 116/2008, 191-212, DOI: 10.1007/978-3-540-78297-1_9, DICOM-Based Multidisciplinary Platform for Clinical Decision Support:Needs and DirectionLawrence Wing-Chi Chan, Phoebe Suk-Tak Chan, Yongping Zheng, Alex Ka-Shing Wong, Ying Liu and Iris Frances Forster Benzie http://www.springerlink.com/content/8926gm0853vmp4r5/